在ubuntu下opensldie的安装，更新以及卸载问题

首发在WangW Blog

引出问题

在处理whole slide images时，出现Slide/Mask dimension does not match , X_slide / X_mask : 98304 / 1536, Y_slide / Y_mask : 103936 / 2048的问题。

问题原因

openslide版本问题，在openslide==3.4.1中更新了这个问题，所以要安装openslide==3.4.1。最想吐槽的是，尼玛啊，camelyon比赛官方评价标准代码中用 倍数关系控制whole slide image多分辨率问题，但是openslide==3.4.1之前的版本不适用这个倍数关系，这才导致多分辨率下长宽倍数关系不一致，我觉得很LOW！

解决方法

大体分为这6个步骤：

• 查看openslide版本
• 卸载openslide
• 安装openslide==3.4.1依赖项
• 安装openslide==3.4.1
• 查看安装是否成功
• 安装openslide-python

查看openslide版本：通过openslide-show-properties --version查看目前安装的版本，如果不是3.4.1版本，请接着往下看，如果是，就退出本页面就OK了。

卸载openslide:通过sudo apt-get purge --auto-remove python-openslide连带其依赖项完全卸载干净，以及删除相应的文件，麻烦确保使用该命令删除干净，不然你会安装两个版本的openslide, 那等下安装openslide-python，它会依赖调用那个版本的openslide只能听天由命了！！这时候，你可以通过查看版本，来查看openslide有没有卸载完成，如果没有，请想别的办法，卸载之后再继续...

安装openslide==3.4.1:

1. 首先进入openslide官网 下载源文件

2. 解压文件，编译

   cd openslide-3.4.1
   ./configure
   make
   sudo make install 
   ####
   到上面基本安装完成，如在./configure报错，可能就是缺少依赖项，请使用：
   sudo apt-get install * 来安装依赖项，在进行./configure。。。
   

查看安装是否完成：openslide-show-properties --version看一下版本

安装openslide-python:pip install openslide-python

后记

有什么问题欢迎留言！