GATK 运算大文件时报错

gatk 在 mapping 测序深度较高的文件时，使用默认参数计算时出现如下报错：

To get help, see http://broadinstitute.github.io/picard/index.html#GettingHelphtsjdk.samtools.util.RuntimeIOException: Problem writing temporary file file:///tmp/user/sortingcollection.541556390278583754.tmp. Try setting TMP_DIR to a file system with lots of space.

        at htsjdk.samtools.util.SortingCollection.spillToDisk(SortingCollection.java:260)

        at htsjdk.samtools.util.SortingCollection.add(SortingCollection.java:182)

        at htsjdk.samtools.SAMFileWriterImpl.addAlignment(SAMFileWriterImpl.java:187)

        at htsjdk.samtools.AsyncSAMFileWriter.synchronouslyWrite(AsyncSAMFileWriter.java:36)

        ......

原因应该就是字面意思，在写临时文件时默认目录下存储不足，此时可以重新指定一个临时文件写入目录：

gatk --java-options "-Djava.io.tmpdir=/dir/..."

如何修改后仍然出现任务只运行不输出结果，可能是跑不动，可以给 java 指定更多的运行内存：

gatk   --java-options "-Xmx50g    -Xms50g    -XX:+UseSerialGC"

运行时增加 java 选项以顺利完成任务计算。