ggsignif 程序包帮助文档翻译

翻译者 三根钉子 联系方式 liumg15@lzu.edu.cn

类型 程序包
标题 ggplot2包的显著性标记
版本 0.3.0
描述 用分组比较来丰富你的ggplot图形。
如果两个分组之间存在显著性不同，这个包提供一个简单的方式去标示。
一般情况下，通过在顶部添加一个括号显示，这个括号连接了感兴趣的分组，并且注释显著性水平（NS,*,**,***）
这个包提供一个单层（geom_signif()）对小组进行比较和检验（t.test(), wilcox.text() etc.）并作为一个参数，以注释的形式添加进图层里面。
URL https://github.com/const-ae/ggsignif
许可 GPL-3
编码 UTF-8
LazyData TRUE
输入 ggplot2(>=2.0.0)
建议 testthat, knitr, rmarkdown
RoxygenNote 6.0.1
小插图建立者 knitr
编辑需要 否
作者 Constantin Ahlmann-Eltze [aut, cre]
维护者 Constantin Ahlmann-Eltze artjom31415@googlemail.com
仓库 CRAN
日期/出版 2017-06-25 15:24:01 UTC

R主题记录

目录
stat_signif.................................................................................................................................2

stat_signif 创造显著性图层

描述 创造显著性图层

使用
stat_signif(mapping = NULL, data = NULL, position = "identity",
na.rm = FALSE, show.legend = NA, inherit.aes = TRUE,
comparisons = NULL, test = "wilcox.test", test.args = NULL,
annotations = NULL, map_signif_level = FALSE, y_position = NULL,
xmin = NULL, xmax = NULL, margin_top = 0.05, step_increase = 0,
tip_length = 0.03, size = 0.5, textsize = 3.88, family = "",
vjust = 0, ...)

geom_signif(mapping = NULL, data = NULL, stat = "signif",
position = "identity", na.rm = FALSE, show.legend = NA,
inherit.aes = TRUE, comparisons = NULL, test = "wilcox.test",
test.args = NULL, annotations = NULL, map_signif_level = FALSE,
y_position = NULL, xmin = NULL, xmax = NULL, margin_top = 0.05,
step_increase = 0, tip_length = 0.03, size = 0.5, textsize = 3.88,
family = "", vjust = 0, ...)

参数
mapping——由aes或aes_ 创造的美学映射集。如果被指定了和继承之前的映射（inherit.aes = TRUE）（默认的），在这个图形的顶部它联合默认的图层。如果这里没有图形图层你必须提供。
data —— 数据在这一层上被显示。这里有三个选择：如果为NULL（默认的），则数据是从调用ggplot中指定的绘图数据继承的。如果是数据框或者其他对象，则会覆盖图形数据。所有对象会被强制生产一个数据框。查看fortify去寻找哪些变量会被创造。
position——位置调整，可能是一个字符串也可能是调用位置调整函数的结果。
na.rm——如果是FALSE（默认），则移除缺失值，并且以警告的形式显示。如果是TRUE，则默默地移除缺失值，无警告。
show.legend——逻辑值。这个图层是否应该被包括在图例中呢？NA，是默认值，如果所有美学都被映射则包括。FALSE，则不包括，TRUE总是包括。
inherit.aes——如果是FALSE，则覆盖默认的美学映射，而不是与它们联结。这个对辅助函数最有用，它定义了数据和美学映射，使其不继承默认图形的指定，比如边界borders。
comparisons——一个长度为二的向量的列表。这个向量里包含的是x轴上的两个值的名称或者两个整数，这两个整数相对于我们感兴趣的列的索引。
test——统计方法的名称，这个统计方法被提供给两列的值（e.g. ‘t.test‘, ‘wilcox.test‘ etc.）。如果你执行一个检验，则返回一个列表，这个列表有输入的P值。
test.args——测试方法的附加参数。
annotations——带有可选注释的字符向量，如果没有则被忽略。
map_signif_level——布尔值，p值直接被当作注释或者以星号替代。也可以提供一个指定的数值向量来创建从p值到注释的自定义映射：例如，c("***"=0.001,"**"=0.01,"*"=0.05)
y_position——数值向量，用于指示括号的y位置。
xmin——数值向量，用于指示括号左边的位置。
ymin——数值向量，用于指示括号右边的位置。
margin_top——数值向量，以起始高度作为总高度的最大值开始高出多少。
step_increase——数值向量，with the increase in fraction of total height for every additional comparison to minimize overlap.
tip_length——numeric vector with the fraction of total height that the bar goes down to indicate the precise column。
size——改变括号线的宽度
textsize——改变文本的大小
family——更改文本使用的字体
vjust——将文本相对于括号上下移动
...——其他传递到图层的参数。有常用的映射，用于改变一个固定的映射，像 color = "red"或 size = 3。他们也可能对geom/stat成对出现。
stat——在这个层的数据上使用的统计转换，作为一个字符串。

例子

#library(ggplot2)
#library(ggsignif)
#ggplot(mpg, aes(class, hwy)) +
#geom_boxplot() +
#geom_signif(comparisons = list(c("compact", "pickup"),c("subcompact", "suv")))

#ggplot(mpg, aes(class, hwy)) +
#geom_boxplot() +
#geom_signif(annotations = c("First", "Second"),y_position = c(30, 40), xmin=c(4,1), xmax=c(5,3))

本文稿由三根钉子翻译，个人水平有限，若有不足之处望联系我，谢谢。本人邮箱：liumg15@lzu.edu.cn