android gradle plugin 2.2之前，要使android工程在进行javac时进行注解处理，需要包含第三方android-apt插件,如下

buildscript {
    ....
    dependencies {
        ...
        'com.neenbedankt.gradle.plugins:android-apt:1.8'
    }
}

apply plugin: 'com.neenbedankt.android-apt'

对于Annotation Processor所在的库，通过apt依赖引入

dependencies { 
  apt 'com.squareup.dagger:dagger-compiler:1.1.0' 
  compile 'com.squareup.dagger:dagger:1.1.0'
}

android gradle plugin 2.2之后，插件里自带注解处理的功能，通过以下方式引入Annotation Processor库

dependencies {
    compile 'com.google.dagger:dagger:2.0'
    annotationProcessor 'com.google.dagger:dagger-compiler:2.0'
}

配置apt：

android {
...
    defaultConfig {
    ...
        javaCompileOptions { 
            annotationProcessorOptions {
                className 'com.example.MyProcessor'

                // Arguments are optional.
                arguments = [ foo : 'bar' ]
            }
        }
    }
    ...
}

引用

http://tools.android.com/tech-docs/jackandjill
http://www.littlerobots.nl/blog/Whats-next-for-android-apt/