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分享一款生物信息数据高亮工具biosyntax_2021-06-

分享一款生物信息数据高亮工具biosyntax_2021-06-

作者: 知无牙 | 来源:发表于2021-06-10 23:51 被阅读0次

    先上图,见下:

    喜欢颜色的生信汉子和妹子们,今天分享一款“很有颜色“的生物信息学数据高亮工具给你们,记得三连:收藏,点赞加关注,当然也可以刷火箭,老铁!

    biosyntax工具的官网在这儿里:https://biosyntax.org/,它可以高亮生物学数据,例如fasta,fastq, gff,gtf, vcf, sam, bed, pdb, cwl等等,支持多种工具:less, vim, gedit, sublime and VScode。

    提前声明:首先我们要感谢biosyntax的研发团队们给生信工作者提供这么好的颜色识别高亮工具,研发不易,开源更难,辛苦了

    第一步:我们先在官网下载工具源代码到自己的电脑上

    https://github-releases.githubusercontent.com/113121051/1e7a8080-a88d-11e8-8775-4480ead73dd2?X-Amz-Algorithm=AWS4-HMAC-SHA256&X-Amz-Credential=AKIAIWNJYAX4CSVEH53A%2F20210611%2Fus-east-1%2Fs3%2Faws4_request&X-Amz-Date=20210611T144243Z&X-Amz-Expires=300&X-Amz-Signature=5e822381b990ed9e29ef2b698c2dc5d75030dc802dc8b2ebee7fce34256a8f82&X-Amz-SignedHeaders=host&actor_id=18610624&key_id=0&repo_id=113121051&response-content-disposition=attachment%3B%20filename%3DbioSyntax-1.0.0.zip&response-content-type=application%2Foctet-streamgithub-releases.githubusercontent.com

    第二步:保存至本地文件夹中,然后解压缩后进到安装包文件夹中:bioSyntax-master

    第三步:查看安装和说明文件:INSTALL.MD和README.MD

    第四步:配置vim编辑器biosyntax高亮功能

    在linux命令行首先执行下面代码:

    mkdir -p ~/.vim ~/.vim/syntax ~/.vim/ftdetect ~/.vim/colors

    然后继续执行下面代码:

    touch ~/.vimrc

    if ! grep -q ":syntax enable" ~/.vimrc; then echo ":syntax enable\\n" >> ~/.vimrc; fi

    紧接着,最关键的是下面,需要把安装包中的资源代码复制到目标文件夹中,这里$bioSyntax是安装包的绝对路径

    cp $bioSyntax/vim/syntax/*.vim ~/.vim/syntax/

    cp $bioSyntax/vim/ftdetect/*.vim ~/.vim/ftdetect/

    cp $bioSyntax/vim/colors/bioSyntax.vim ~/.vim/colors/

    最后引用工具作者的话就是:Restart vim and you now have pretty formats!

    还有提示:Syntax-highlighting can be turned off using `:syntax off` or removing the `:syntax enable` line from the `.vimrc/_vimrc` file.

    我们用vim编辑器打开一些生物信息学数据文件,查看一下是否配置成功

    fasta文件

    vim uniprot-human-filtered-reviewed_yes.fasta

    vim GCF_000001895.5_Rnor_6.0_genomic.fasta

    gff文件

    gtf文件

    vcf文件

    第五步:vim编辑器的biosyntax就已经配置好了,原理和步骤其实类似,上面用到的测试数据文件都是公共数据库下载的,如果你需要,我也可以直接发邮件给你。还有less,gedit,sublime和vscode工具可以配置,下面的留给你们自己测试啦~

    时间不早,早点休息,祝大家端午假期安康

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