一、万历皇帝

万历皇帝显示了明朝君主专制中的几个问题：

1.皇帝作为国家的行政首长、国家元首和个人生活之间的矛盾：封建社会君主专制的要求使得皇帝的任务比现代国家元首重得多，工作任务繁重，既需要行使行政决策权，又需要代表国家出席重大仪式。这使得皇帝从作为人的角度来说失去了对工作的积极性，在工作和生活之中，难免偏向于享乐主义，所以万历皇帝才会多日游玩与西内。这也正反映了黄仁宇教授写作此书时得出结论“中国二千年来，以道德代替法制，至明代而极，这是一切问题的症结”。没有法制仅有儒家宣扬的仁君的道德要求是无法起作用的。

2.皇帝的个人喜怒与法制之间的矛盾：从对张居正的追处情况可以看出，对之前全国丈量土地的数据全部推翻、对挺张派全部打压反张派全部提拔，用现在的话说就是对人不对事而不是对事不对人。1587年3月2日谣传举行午朝大典到万历皇帝从惩处礼部、鸿胪寺到扩大到整个在京供职官员，国家这么庞大机器的运行没有规范性，全凭皇帝喜怒。在张居正案中可以清晰看出，万历皇帝在之前还念及张居正辅佐之情，断然回绝大臣的抄家请求，之后在高拱的《病榻遗言》和辽王王妃的揭秘下对张居正两次抄家。

3.皇权与相权和党争之间的矛盾：虽说明朝没有丞相了，但内阁大学士却实际上承担起了丞相的职责，内阁大学士在这个位置上替皇帝思考各种决定，其中涉及大量的人事安排，自然会形成结党营私的现象，一荣俱荣一损俱损。张居正一死，被抄家、撤回太师衔，冯保被贬黜回乡软禁起来。一派的打压自然造成一派的崛起，张居正势力的倒台成就了当初反张派的得势。皇帝在其中，想要完全乾纲独断但精力不足，只能将皇权分割一部分形成相权，但又不想相权超过皇权，形成自己的集团得以欺上瞒下，这就是皇权与相权之间的矛盾。皇权和党争的矛盾就是，皇帝是从自己君主集权的角度对待每一个派系，而每个派系只是为了维护自己派系的核心人物的高升，因为一荣俱荣。这种利益角度，使得皇帝从维护自己权力的角度，选择暂时扶持一个党派去打压另一个党派，形成多方互斗而不亡的境界。一派的高升和另一派的罢黜，就是法家韩非子所说的“赏罚二柄”。

二、首辅申时行

文官集团的内外矛盾：

1.文官集团和中央集权之间的矛盾：张居正建立起来的一套行政系统，其高效率和文官集团的自私自利不相容，地方县市常常发生税粮拖欠的问题，张居正以考成法建立起来的选人制度为了实现高效率和法制化，忽视了地方事务的复杂性，忽略了一人一事的公平。文官名义上是人民的公仆，实际上包罗了出色人物，成为权力的源泉，也是帝国的实际主人。皇帝必须依靠文官集团才能实现庞大帝国的统治，而文官集团的获利升迁又必须得到皇帝的批准同意。首辅对文官集团的不信任，使得引用私人，可这又违背了公平和道德。

2.文官集团内部派系的矛盾：文官俸禄微薄，常常无法养家糊口，此时地方的豪绅常常借钱，以期文官将来高升，给与便利好处。这实际上形成了文官背后的影子老板，文官集团内部之间的乡谊、年谊、姻谊使得每个文官都必须归属于不同的派系和山头。文官集团之间的矛盾就是他们各自的派系首领或影子老板之间的矛盾。文官常常假借道德之名对其他集团进行攻讦。文官之间的攻讦先从一件小事提起，进而转化为道德问题，直到时机成熟再引大将出马。