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4 split函数将data.frame转换成list的方法

4 split函数将data.frame转换成list的方法

作者: 陈宇乔 | 来源:发表于2019-04-14 20:36 被阅读0次

    将data.frame转换成list的方法

    d <- data.frame(gender=c("M","M","F","M","F","F"),age=c(47,59,21,32,33,24),income=c(55000,88000,32450,76500,123000,45650), over25=rep(c(1,1,0), times=2))
    d
    # gender age income over25
    # 1      M  47  55000      1
    # 2      M  59  88000      1
    # 3      F  21  32450      0
    # 4      M  32  76500      1
    # 5      F  33 123000      1
    # 6      F  24  45650      0
    
    a<- split(d$income, list(d$gender,d$over25)) #将income按照gender、over25分组
    class(a)
    ## 含有两种类标准,变成了list of 4
    a[1]
    a[2]
    a[3]
    a[4]
    a$F.0
    a$M.0
    a$F.1
    a$M.1
    ##############
    b<- split(d$income, list(d$gender))
    # 变成了list of 2
    

    实战:GSVA分析的时候需要一个matrix 和一个gene_sets list格式:我们可以将dataframe变成list

    rm(list = ls())
    library(readxl)
    a <- read_excel("./IO panel 395 gene & pancancer immune gene overlap.xlsx")
    View(a)
    b<- split(a$Gene,list(a$`Cell type`,a$Immunity))
    
    结果

    这样我们就可以进行下游的GSVA分析了。

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