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limma function error

limma function error

作者: F_U_N | 来源:发表于2021-11-28 11:28 被阅读0次

    limma做差异分析分步运行时候没有问题, 但是把步骤写成function时一直报错

    limma_DEG <- function(expr,Class,control_pattern,case_pattern){
      group <- as.factor(Class)
      design <- model.matrix(~0+group)
      rownames(design) <- colnames(expr)
      colnames(design) <- levels(group)
      contrast.matrix<-makeContrasts(paste0(case_pattern,"-",control_pattern),levels = design)
      print(contrast.matrix)
      fit <- lmFit(expr,design)
      fit2 <- contrasts.fit(fit, contrast.matrix) 
      fit2 <- eBayes(fit2)  
      tempOutput = topTable(fit2, coef=1, n=Inf)
      nrDEG = na.omit(tempOutput) 
    }
    
    Error in paste0(case_pattern, "-", control_pattern) : 
      object 'case_pattern' not found 
    

    一直以为是字符串传递的问题,最后发现是因为没有指定参数
    更改

     contrast.matrix<-makeContrasts(contrasts = paste0(case_pattern,"-",control_pattern),levels = design)
    

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