Day-3-conda安装使用

conda是包及其依赖项和环境的管理工具。快速安装、运行和升级包及其依赖项。做生信研究用miniconda就可以了。
小知识点：
~根目录
-参数（单个字母） --多个字母
conda的知识点 https://www.cnblogs.com/chester-cs/p/11824433.html

conda关系

下面是整个过程。

1:下载：
1.1去清华conda镜像网站找到链接
1.2（uname -a可以查看服务器多少位）
1.3 wget+网址下载。
2： 安装
2.1 bash +软件名字 安装
2.2 source ~/.bashrc 激活（修改环境变量）
2.3 添加镜像

# 使用清华镜像 config是设置配置
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
# 设置搜索时显示通道地址
conda config --set show_channel_urls yes

3：使用（-y是自动化，以fastqc为例）
3.1 查看当前所有软件列表 conda list
3.2 搜索软件 conda search fastqc
3.3 安装软件 conda install fastqc -y 或者 conda install fastqc=0.11.7 -y
3.4 卸载软件 conda remove fastqc -y
3.5 当前conda环境 conda info --envs (前面带*的就是默认的)
3.6 创建新的conda环境 （创建一个 rna-seq环境，指定python3并安装 fastqc和trimmomatic）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
3.7 激活新的conda环境

#将rna-seq设为默认环境
conda activate rna-seq

查阅了conda的命令：

command
    clean        Remove unused packages and caches.
    config       Modify configuration values in .condarc. This is modeled      after the git config command. Writes to the user .condarc
                   file (/home/bio14/.condarc) by default.
    create       Create a new conda environment from a list of specified
                 packages.
    help         Displays a list of available conda commands and their help
                 strings.
    info         Display information about current conda install.
    init         Initialize conda for shell interaction. [Experimental]
    install      Installs a list of packages into a specified conda
                 environment.
    list         List linked packages in a conda environment.
    package      Low-level conda package utility. (EXPERIMENTAL)
    remove       Remove a list of packages from a specified conda environment.
    uninstall    Alias for conda remove.
    run          Run an executable in a conda environment. [Experimental]
    search       Search for packages and display associated information. The
                 input is a MatchSpec, a query language for conda packages.
                 See examples below.
    update       Updates conda packages to the latest compatible version.
    upgrade      Alias for conda update.
optional arguments:
  -h, --help     Show this help message and exit.
  -V, --version  Show the conda version number and exit.

usage:  conda [-h] [-V] command ...
clean    #移除不用的包和缓存文件
config    #修改.condarc文件中的配置值，这里的.condarc文件类似于.vimrc或者.bashrc，用于配置conda的设置。模仿了git的配置命令，默认将配置写入到HOME文件夹下的.condarc文件中
create    #从一系列特定的包创建一个新的conda环境
help    #conda help文件
info    #显示当前conda的信息，包括路径，channels等
init    #初始化conda和shell的交互，实验性功能
install    #在特定的环境安装一系列包
list    #列出在一个conda环境中被linked(被关联)的包
package    #低等级的conda软件包实用程序？(实验性功能)不晓得有什么用
remove    #从一个特定的conda环境中移除一系列包
uninstall    #remove命令的别名
run    #在conda环境中跑一个可执行程序(实验性功能)
search    #找寻包并显示相关的信息。输入是MatchSpec，一种结构化查询语言。理解为一种约定的查询方式？
update    #把conda包更新到最新的兼容版本
upgrade    #update命令的别名