思路:通过对多条序列进行重叠比对完成对序列的组装
重叠、编排、得到一致序列
方法:
1 重叠图法 Myers 法
2 欧式路径法 IWP法 k 元组法
欧拉解答“哥尼斯堡七桥问题”
难题:大的重复序列
解决策略:测得末端配对序列数据、构建由不同大小片段组成的文库
传统的、对用Sanger法测得的序列进行组装的算法:Phrap和CAP3
对短的读出序列进行组装的算法:Edena、Velvet、EULER SR、SASSY 和 ALLPATHS
思路:通过对多条序列进行重叠比对完成对序列的组装
重叠、编排、得到一致序列
方法:
1 重叠图法 Myers 法
2 欧式路径法 IWP法 k 元组法
欧拉解答“哥尼斯堡七桥问题”
难题:大的重复序列
解决策略:测得末端配对序列数据、构建由不同大小片段组成的文库
传统的、对用Sanger法测得的序列进行组装的算法:Phrap和CAP3
对短的读出序列进行组装的算法:Edena、Velvet、EULER SR、SASSY 和 ALLPATHS
本文标题:序列组装策略:核心是比对
本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/fxvpactx.html
网友评论