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序列组装策略:核心是比对

序列组装策略:核心是比对

作者: Ting_Wang | 来源:发表于2020-01-10 12:58 被阅读0次

    思路:通过对多条序列进行重叠比对完成对序列的组装

    重叠、编排、得到一致序列

    方法:

    1 重叠图法  Myers 法

    2 欧式路径法  IWP法  k 元组法

    欧拉解答“哥尼斯堡七桥问题”

    难题:大的重复序列 

    解决策略:测得末端配对序列数据、构建由不同大小片段组成的文库

    传统的、对用Sanger法测得的序列进行组装的算法:Phrap和CAP3

    对短的读出序列进行组装的算法:Edena、Velvet、EULER SR、SASSY 和 ALLPATHS

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