关于perl环境配置问题（以gene_mark为例）

在我使用gene_mark时，遇到了perl模块缺少的问题，于是我使用cpanm进行安装，安装完成后，使用perldoc 可查看到模块，但是继续运行gene_mark时还是同样的报错。

网站上对gene_mark的描述：
If you want to use GeneMark-ES/ET you will need to install that manually following developers instructions: http://topaz.gatech.edu/GeneMark/license_download.cgi

Note that you will need to change the shebang line for all perl scripts in GeneMark to use /usr/bin/env perl. You will then also need to add gmes_petap.pl to the GENEMARK_PATH to the gmes_petap directory.

查了一下，应该是没有将安装的模块放到环境变量中，

gene_mark是根据perl编写的，但所有的perl程序第一行都用的是#!/usr/bin/perl
因为没有root权限，所以之前安装的所有模块（如YAML）都不在这里。
所有我们需要将每个以.pl结尾的文件第一行修改为：#!/usr/bin/env perl，让其在环境变量里找
可以使用
ls *.pl | xargs -i sed -i 's/#!\/usr\/bin\/perl/#!\/usr\/bin\/env perl/' {}

修改成功后运行：

运行成功

不知道怎么指定输出，-o和重定向都不行，知道的大佬可以留言

之前运行tophat2时也遇到类似问题，也是只需要将第一行的python环境修改即可

注释结果，以水稻为例，假阳性很高

#格式转换
gffread genemark.gtf -o H7L1.gff

用gffread转换成个gff3格式用于下一步分析