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2021-01-26基因ID+TMP

2021-01-26基因ID+TMP

作者: 小森的生统笔记 | 来源:发表于2021-01-26 17:14 被阅读0次

    基因ID

    总参考-医学生物信息学数据库

    常用:基因名称

    例如: TP53, RNF180。这样的名字,是这个基因功能+编号的简写。例如TP53就是Tumor Protein P53的简写,RNF180是Ring Finger Protein 180的简写

    ID号

    1.最常见的就是Entrez Gene
    2.在gene数据库里面对于转录本和蛋白的编号是以NM和NP开头的
    3.非编码的RNA(ncRNA)的话,转录本的注释就从之前的NM开头变成了NR开头

    1. Ensembl是另外一个记录基因信息的数据库
      ensemble ID
      参考:关于基因ID的二三事

    TMB

    背景

    免疫检查点抑制剂ICI,由于不是在所有患者中都能发挥疗效,因此需要找到对ICI治疗有良好反应的生物标志物。目前临床上使用的包括PD-L1免疫组化以及微卫星高不稳定性(microsatellite instability–high, MSI-H)或错配修复缺陷(mismatch repair deficiency, dMMR)TMB是新兴的免疫检查标志物。

    由于许多使用该生物标记物的原始研究都是基于外显子测序计算的,因此通常将其视为基因组(外显子组)编码区内存在的突变数
    TMB通常被报道为存在于1Mb中的突变数(计算公式即:突变个数/检测的外显子Mb长度)

    参考肿瘤突变负荷TMB是个什么东东

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