1. 创建文件夹
mkdir mamba
2.下降mamba文件
curl -L https://micro.mamba.pm/api/micromamba/linux-64/latest -o micromamba.tar.bz2
3. 解压
tar -xvjf micromamba.tar.bz2
4.配置环境变量
./micromamba shell init -s bash -p /public/home/ypyue/mamba/
or
./micromamba shell init -s bash -p /public/home/ypyue/mamba/bin/
source .bashrc
5. 设置源,将以下内容保存到~/.mambarc 即可。
channels:
- defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
pytorch-lts: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
补加两个channel:
micromamba config append channels conda-forge
micromamba config append channels bioconda
创建环境 python=2.7 并安装软件
micromamba create -n ChIP-seq python=2.7
micromamba activate mamba/envs/ChIP-seq/
micromamba install fastp
打包conda环境
1. 用 conda-pack 打包环境 (pack 命令可以pip安装)
conda pack -n R3.5 -o R35.1.tar.gz
2. 解压环境
在env 目录下创建一个目录(直接mkdir创建不需要micromamba or conda 创建环境),解压这个打包的环境到一个指定的目录:
mkdir R3.5
tar -xzvf ../../R35.1.tar.gz -C ./R3.5/
(R3.5) (base) [ypyue@login02 envs]$ ls
R3.5
3. 设置环境变量
在解压后的环境中,运行 conda-unpack 来修正路径:
pwd
/public/home/ypyue/mamba/envs #找出完整路径
source /public/home/ypyue/mamba/envs/R3.5/bin/activate #激活环境
conda-unpack #修正路径 非常重要不然报错。
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