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安装mamba 以及打包并迁移环境

安装mamba 以及打包并迁移环境

作者: 余绕 | 来源:发表于2024-06-10 14:32 被阅读0次

    1. 创建文件夹

    mkdir mamba
    
    

    2.下降mamba文件

    curl -L https://micro.mamba.pm/api/micromamba/linux-64/latest -o micromamba.tar.bz2
    
    

    3. 解压

    tar -xvjf micromamba.tar.bz2
    

    4.配置环境变量

     ./micromamba shell init -s bash -p /public/home/ypyue/mamba/
    or 
    ./micromamba shell init -s bash -p /public/home/ypyue/mamba/bin/
    
    source  .bashrc
    

    5. 设置源,将以下内容保存到~/.mambarc 即可。

    channels:
    - defaults
    show_channel_urls: true
    default_channels:
     - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
     - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
     - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
    custom_channels:
     conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
     msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
     bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
     menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
     pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
     pytorch-lts: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
     simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
    
    
    补加两个channel: 
    micromamba config append channels conda-forge
    micromamba config append channels bioconda
    
    

    创建环境 python=2.7 并安装软件

    micromamba create -n ChIP-seq  python=2.7
    micromamba activate mamba/envs/ChIP-seq/
     micromamba  install fastp
    
    

    打包conda环境

    1. 用 conda-pack 打包环境 (pack 命令可以pip安装)

    conda pack -n R3.5  -o  R35.1.tar.gz
    
    

    2. 解压环境

    在env 目录下创建一个目录(直接mkdir创建不需要micromamba or conda 创建环境),解压这个打包的环境到一个指定的目录:

    mkdir R3.5  
    tar -xzvf ../../R35.1.tar.gz -C ./R3.5/
    
    (R3.5) (base) [ypyue@login02 envs]$ ls
    R3.5
    
    

    3. 设置环境变量

    在解压后的环境中,运行 conda-unpack 来修正路径:

    pwd 
    /public/home/ypyue/mamba/envs  #找出完整路径
    
    source /public/home/ypyue/mamba/envs/R3.5/bin/activate #激活环境
    conda-unpack #修正路径 非常重要不然报错。
    

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