R绘图应用实例：survminer绘制生存曲线

根据是上一篇survminer包使用教程^[1]，结合实验数据，实际应用绘制生存曲线。

实验数据：
从肠道中分离出三种共生菌，分别喂食给昆虫，无菌水作对照，每日统计死亡情况，直至个体全部死亡，并绘图。
原始数据如下所示：

图片.png

其中，time是生存时间，1表示死亡，NA表示存活(或空白)。^[2]
如果在相同时间段有好几个死亡事件，则重复输入即可，例如第5行到第6行，都是死亡事件，则连续输入2次。

1. 清理数据

rm(list = ls())
# 加载R包
library("survminer")
dorsalis <- read.table(file = "C:/Users/Administrator/Desktop/surval.txt", header = TRUE, sep = "")
head(dorsalis)
id time Water Eubacteria Acetobacter Klebsiella
1  1    8    NA         NA          NA          1
2  2    9    NA         NA          NA          1
3  3   19    NA         NA           1         NA
4  4   20    NA          1          NA         NA
5  5   23     1         NA          NA          1
6  6   23     1         NA          NA         NA
# 长-宽型数据的相互转换
library(reshape2)
melted_dorsalis <- melt(dorsalis, id.vars = c("id","time"), variable.name = "treated",
                        measure.vars=c("Water","Eubacteria", "Acetobacter", "Klebsiella"))
head(melted_dorsalis)
id time treated value
1  1    8   Water    NA
2  2    9   Water    NA
3  3   19   Water    NA
4  4   20   Water    NA
5  5   23   Water     1
6  6   23   Water     1

2. 拟合生存曲线并绘图

# 拟合曲线
fit <- survfit(Surv(time, value) ~ treated, data = melted_dorsalis)
fit
Call: survfit(formula = Surv(time, value) ~ treated, data = melted_dorsalis)
   499 observations deleted due to missingness 
                     n events median 0.95LCL 0.95UCL
treated=Water       40     40    117      99     131
treated=Eubacteria  71     71    145     121     167
treated=Acetobacter 70     70    146     121     175
treated=Klebsiella  40     40    136      91     161
# 绘图
ggsurvplot(fit)
# 添加风险表
ggsurvplot(fit, pval = TRUE, conf.int = TRUE,
           risk.table = TRUE, risk.table.y.text.col = TRUE)

• Rplot01.png
• Rplot02.png
  最终效果：

ggsurvplot(fit, pval = TRUE, 
           risk.table = TRUE,
           risk.table.col = "strata",
           legend.title = "Treated",
           title = "Survival curve",
           legend.labs = c("Water", "Eubacteria", "Acetobacter", "Klebsiella"),
           fun = function(y) y*100)

• Rplot03.png
  

  参考资料：

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1. R绘图_survminer绘制生存曲线 ↩

2. 手把手教你用GraphPad Prism绘制生存曲线 ↩