利用Bio.SeqIO读取序列文件

利用Bio.SeqIO读取序列文件

1. fasta文件

from Bio import SeqIO #导入SeqIO模块

record_dict = SeqIO.index("文件路径","fasta") #从路径读取fasta文件

for seq in record_dict: #循环读取fasta文件中的序列

print ("id",seq.id) #输出序列id ">"后面的一串字符，无空格

print ("description",seq.description) #输出 description ">"一行的内容

print ("seq",seq.seq) #输出序列

print ("length",len(seq)) #输出序列长度

2. genbank文件

from Bio import SeqIO #导入SeqIO模块

seq = SeqIO.read("文件路径","genbank") #从路径读取genbank文件

print ("id",seq.id) #输出序列登录号

print ("description",seq.description) #输出 序列描述

print ("seq",seq.seq) #输出序列

print ("length",len(seq)) #输出序列长度

print ("features",len(seq.features)) #序列特征数
print (seq.features[0]) #整个序列的注释