文章内容取自高远老师的R安装升级后的若干规定动作

1.前期的设定

主要为两步：（1）给R包一个家
　　　　　　（2）给R包指两条路
在RStudio打开一个空白的脚本，先输入file.edit('~/.Renviron')，点击Run会打开新的空白文本，输入

R_LIBS_USER="D:/Rlib"
#指定R的附加包安装目录。

并关闭该文本，保存。此设定通过 Renviron 文件为R自身设置一些环境变量，仅对R有效。
继续在脚本中输入file.edit('~/.Rprofile')，再次点击Run打开新的空白文本，输入

options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
#bioconductor

options("repos" =c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/",
        CRANextra="https://www.stats.ox.ac.uk/pub/Rwin"))
#cran

2.给你的R一个权限

找到电脑上R的安装位置（图中为R的默认安装位置），鼠标右键R-属性-安全，进行下图的操作
【重点】不论是“R属性中的安全”还是弹出的“安全”窗口，一定要选到Users一行，再进行编辑和权限更改。

R权限设置

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Tips:此处为关于设定好目录"D:/Rlib"后的补充
当你在控制台输入

>Sys.getenv("R_LIBS_USER")
[1]"D:/Rlib"
>.libPaths()
[1]"C:/Program Files/R/R-3.5.1/library"

表明你新安装的R包不会安装在"D:/Rlib"中，由此我们进行如下修改：
打开"C:\Program Files\R\R-3.5.1\library\base\R"（默认路径）中的"Rprofile"，按照图中进行编辑

编辑Rprofile
图中的"~\target"为本文的"D:/Rlib"（斜杆可能会引起报错）
解决方法取自 How do I change the default library path for R packages
更换目录的结果

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3.试验——安装bioconductor包

在RStudio脚本中输入

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
BiocInstaller::biocLite()

下图为给权限前后的区别

安装结果比较

如果安装bioconductor还有问题，请把https://bioconductor.org/biocLite.R 下载到本地并打开，在文件开头加入如下两行命令并保存。

options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
#bioconductor

options("repos" =c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/",
        CRANextra="https://www.stats.ox.ac.uk/pub/Rwin"))
#cran

接着使用source调用本地biocLite.R安装。在脚本窗口中输入

source("工作路径/biocLite.R"）
BiocInstaller::biocLite()

4.结尾语

从此从bioconductor安装包再也不用source了！

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