生信地基系列--Cytoband格式

Schema for Chromosome Band - Chromosome Bands Localized by FISH Mapping Clones (ucsc.edu)

Cytoband 文件格式用于定义参考基因组的染色体表意图谱，IGV 2.11.0 可以开始用来创建 cytoband track。

Cytoband 文件是一个由五列制表符分隔的文本文件。文件的每一行都描述了细胞遗传学条带的位置。文件中的列与 UCSC 基因组浏览器底层数据库中 cytoBand 表的列相匹配。这些文件可从 UCSC 网站以“cytoBandIdeo.txt.gz”的形式下载，用于许多基因组组装，例如
https://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/database/cytoBandIdeo.txt.gz

“acen”是着丝粒；
"stalk”是指近端着丝粒染色体chr13、14、15、21、22的短臂；
“gvar”条带往往是异染色质，无论是中心还是端粒。
map ucsc cytogenic bands to types · Issue #43 · monarch-initiative/dipper (github.com)

染色体条带轨迹代表了在吉姆萨染色的染色体上看到的条带的大致位置。染色体在浏览器中首先显示短臂。染色体上经细胞学鉴定的条带从短(p)和长(q)臂上的着丝粒向外编号。在低分辨率下，使用命名法[染色体][臂][带]对带进行分类，其中带是一个单位数字。3号染色体上的条带包括3p2、3p1、 cen、3q1和3q2。在较细的分辨率下，一些波段被细分为子波段，在波段号上增加第二个数字，例如3p26。这种分辨率产生大约500个波段。最后再加上一个周期和另一个数字，得到3p26.3、3p26.2等，分成862个子带。

image.png

例子

chrom    start        stop        band       stain
chr1    0   2300000 p36.33  gneg
chr1    2300000 5400000 p36.32  gpos25
chr1    5400000 7200000 p36.31  gneg
chr1    7200000 9200000 p36.23  gpos25
chr1    9200000 12700000    p36.22  gneg
chr1    12700000    16200000    p36.21  gpos50
chr1    16200000    20400000    p36.13  gneg
chr1    20400000    23900000    p36.12  gpos25
chr1    23900000    28000000    p36.11  gneg
chr1    28000000    30200000    p35.3   gpos25
chr1    30200000    32400000    p35.2   gneg

image.png

IGV支持的其他格式

• BAM
• BED
• BedGraph
• BEDPE
• bigBed
• bigWig
• Birdsuite Files
• broadPeak
• CBS
• Chemical Reactivity Probing Profiles
• chrom.sizes
• CN
• Custom File Formats
• Cytoband
• FASTA
• GCT
• CRAM
• genePred
• GFF/GTF
• GISTIC
• Goby
• GWAS
• IGV
• LOH
• MAF (Multiple Alignment Format)
• MAF (Mutation Annotation Format)
• Merged BAM File
• MUT
• narrowPeak
• PSL
• RES
• RNA Secondary Structure Formats
• SAM
• Sample Info (Attributes) file
• SEG
• TDF
• Track Line
• Type Line
• VCF
• WIG