美文网首页
Linux安装rifdock中遇到的问题

Linux安装rifdock中遇到的问题

作者: xbinbzy | 来源:发表于2022-06-10 15:50 被阅读0次

    rifdock的下载和安装说明可参考https://github.com/rifdock/rifdock

    分别基于服务器gcc是12.1,9.4的版本,安装了Rosetta 3.9的版本,然后再编译安装rifdock,是可以成功的,在rifgen运行时出现报错信息如下:

    FAILED ASSERTION:
    resname(ala_rot_) == "ALA" EXIT

    FROM:
    ~/software/rifdock-master/schemelib/scheme/chemical/RotamerIndex.hh line: 860

    查阅到类似的错误:https://github.com/rifdock/rifdock/issues/119,曹大神推荐使用gcc 6.x版本,为此利用个人账号,非root账户在linux上安装gcc 6.3版本,期间也是遇到各种报错信息,最后参考以下两篇介绍解决:

    https://blog.csdn.net/nie19940803/article/details/102408025

    https://zhuanlan.zhihu.com/p/357264769

    最后gcc安装成功,并将环境设置好,进行Rosetta 3.9安装(需要准备python2.7)

    ./scons.py -j 16 mode=release bin

    Rosetta 3.9成功安装,随后进行rifdock的安装,参考git上的介绍

    cd rifdock
    mkdir build
    cd build
    CXX=/my/g++/version CC=/my/gcc/version CMAKE_ROSETTA_PATH=/Path/to/a/rosetta/main cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release make -j3 rif_dock_test rifgen

    在CXX编译那步,还遇到过小插曲的报错

    cmake: ~/Bin/gcc-6.3.0/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.26' not found (required by cmake)
    cmake: ~/Bin/gcc-6.3.0/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.26' not found (required by /lib/x86_64-linux-gnu/libjsoncpp.so.1)

    找了个存在GLIBCXX_3.4.26的库文件链接到lib64目录下,最后成功安装成功

    安装日志文件

    最后利用rifgen测试

    ~/Bin/rifdock-master/build/apps/rosetta/rifgen @input/rifgen.flag > rifgen.log 2>&1

    成功生成对应的结果文件

    结果文件

    整体来讲,rifdock在安装时,较为依赖系统环境,中间遇到很多问题,都是边查边解决,不放弃不舍弃多坚持一下,最后实现了此软件的安装和应用

    相关文章

      网友评论

          本文标题:Linux安装rifdock中遇到的问题

          本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/gdhbmrtx.html