素材学习分享周刊第31期 200926 卖萌哥

作者: 卖萌哥 | 来源:发表于2020-09-27 00:04 被阅读0次

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感谢熊大!~ @思考问题的熊

刊首语

「八月中秋白露，路上行人凄凉。

小桥流水桂花香，日夜千思万想。

心中不得宁静，清早览罢文章。

十年寒苦在书房，方显才高志广。」

轮值编辑

大家好, 这里是卖萌哥, 欢迎到简书/B站/个人网站关注我(虽然好像目前只有简书内容比较齐全, 不过慢慢会补全哒~) 目前是一个滞留国内的美国某小而美的私立教会大学的博一新生. 主要方向是Genomics & Evolution. 硕士是做的植物基因组和物种数据库. 欢迎感兴趣的朋友跟我交流呀: bioinfocjh@yahoo.com

专业文献

题目: Plant pan-genomes are the new reference

杂志: Nature Plants

时间: 2020.07.20

链接: https://doi.org/10.1038/s41477-020-0733-0

Abstract:

Recent years have seen a surge in plant genome sequencing projects and the comparison of multiple related individuals. The high degree of genomic variation observed led to the realization that single reference genomes do not represent the diversity within a species, and led to the expansion of the pan-genome concept. Pan-genomes represent the genomic diversity of a spe- cies and includes core genes, found in all individuals, as well as variable genes, which are absent in some individuals. Variable gene annotations often show similarities across plant species, with genes for biotic and abiotic stress commonly enriched within variable gene groups. Here we review the growth of pan-genomics in plants, explore the origins of gene presence and absence variation, and show how pan-genomes can support plant breeding and evolution studies.

点评: 随着全基因组测序的价格的直线下降, 把单个基因组作为参考基因组的策略逐渐地不能满足越来越深入的基因组学研究. 因此作者提出新的观点: 用泛基因组来作为新的参考基因组. 文章不长, 总结得挺好. 推荐!

数据库

1. Arabidopsis RNA-seq Database

http://ipf.sustech.edu.cn/pub/athrna/

这是一个「丧心病狂」的数据库, 收集整理了超过两万组的拟南芥RNA-seq的数据, 大概只有你想不到, 没有这里搜不到的拟南芥相关的内容了. 文章发表在了Molecular plant上.

2. 生物插图数据库

这个图片集收集了很多的生物插图, 就很厉害. 可以找一下感兴趣的图片放在ppt或者其他的应用场景里, 增加逼格和人文气息. 当然要注意合理引用和版权问题哦.

https://www.flickr.com/photos/biodivlibrary/

image.png

好书好文

1. 推理之王系列

从小学起就热爱各种推理小说, 年少的时候看《小虎队》系列, 后来看了一些阿加莎克里斯蒂的小说改编的影视剧, 沉迷于那种真相大白的快感, 感概于书中和剧中塑造的各式各样的或悲惨或英勇的角色的命运. 这里推荐的是紫金陈的推理之王系列的三部曲: 《无证之罪》、《坏小孩》和《长夜难明》.

https://book.douban.com/subject/25799686/

《坏小孩》是之前很火的网剧《隐秘的角落》的原著, 看了一小部分, 感觉还蛮不错的, 安利! 「您看我还有机会吗?」

https://book.douban.com/subject/25955474/

《长夜难明》现在也被影视化啦, 剧名叫《沉默的真相》, 正在热播中, 强力推荐!~

https://book.douban.com/subject/26923390/

2. 曾国藩的正面与侧面

最近听樊登读书讲了这本书, 感觉很有详读一遍原书的必要. 曾国藩不像王阳明那样是超凡入圣的神人, 他只是一个资质很平庸, 甚至有些愚钝的人. 但是一生之中坚守“勤”、“恒”、“拙”, 不但做出了一番丰功伟绩, 还留下了将近两千万字的文字, 这是何等的执着和坚持, 真的让人十分钦佩. 想要了解更多的话可以去看原书哦~

https://book.douban.com/subject/25870991/

3. 红玫瑰与白玫瑰

"也许每一个男子全都有过这样的两个女人，至少两个。娶了红玫瑰，久而久之，红的变了墙上的一抹蚊子血，白的还是'床前明月光'；娶了白玫瑰，白的便是衣服上沾的一粒饭黏子，红的却是心口上一颗朱砂痣"。如厕读物. 嗐, 也不知道为啥在厕所里读这种阳春白雪的东西就特别带感. 当然不宜读太多、蹲太久, 痔疮警告!

https://book.douban.com/subject/1014278/

学习素材

作为一个资深松鼠症患者, 资源不要太多hhh

1. bash脚本教程

最近在重新精进自己的bash脚本的编写能力, 于是在网上找教程, 找到一个个人感觉还蛮有收获的教程:

https://wangdoc.com/bash/

2. Learn git branching

除了bash, 越来越觉得需要开始学一点代码版本控制的工具了, 那最佳选择就是git咯. 这个“learn git branching” 是我目前为止遇见的最有意思的学习git的工具了.

https://learngitbranching.js.org/?locale=zh_CN

3. A collection of tutorials on phylogenetic and phylogenomic analyses

一个介绍phylogenetic and phylogenomic分析的教程合集. 就感觉很有意思, 有机会一定要去复现一下.

https://github.com/mmatschiner/tutorials

4. 模式植物拟南芥的RNA-seq数据分析全教程

一个非常详细的教程, 教你如何分析拟南芥的转录组数据, 可以学习里面的处理流程和脚本的写法, 新手推荐!

https://github.com/CBC-UCONN/RNA-Seq-Model-Organism-Arabidopsis-thaliana

5. genomics研究的工具和资源

这个gihub库来自于哈佛的「crazyhottommy」大佬. (据说大佬长得很像曾老板? hhh) 反正就是海量资源, 爽到嗝屁!~

https://github.com/crazyhottommy/getting-started-with-genomics-tools-and-resources

6. 免费的在线编程书籍

啥语言都有, 学到嗝屁!~

好了好了, 差不多了, 大概是我10%的收藏了🤷‍♂️

影音推荐

1.单口相声:济公传

最近的伴睡音频. 之前晚上都在听樊登读书, 但是有的时候越听越睡不着, 就很气. 于是就放点轻松的, 妹想到有奇效, 听一会儿就睡着了. 最近喜马拉雅上有蛮多的单口长篇, 感兴趣的朋友可以都去尝试一下, 体验不错.

https://www.ximalaya.com/xiangsheng/10091654/

2. ASMR推荐

最早的时候睡不着就听一些ASMR, 一开始听的时候就特别上头, 结果更难入睡了, 哈哈哈哈. 这边安利两个我体验下来还蛮不错的, 能够放松, 睡得着的:

https://space.bilibili.com/689753/video

https://music.163.com/radio/?id=6621032&userid=246972868

工具

MacOS

1. OBS

之前协助曾老板完成了两次直播, 体验还是很不错的, 并且感觉像是mac上主流的B站直播软件呢.(windows平台可以用b站官方出的直播姬哦), 并且是Windows/MacOS/Linux全平台支持的哦.

https://obsproject.com/zh-cn

2. Flow

一个极简的番茄工作法计时工具. 我也尝试过很多别的花里胡哨的番茄工作法工具, 有的还结合了to-do的功能, 但是我用起来很不习惯, 除了广告, 还要每次填工作内容, 就很麻烦. 等终于填好要干的活儿了, 我就不想干了. 嗐, 三秒钟法则.

https://apps.apple.com/cn/app/flow-%E9%9B%86%E4%B8%AD%E7%B2%BE%E5%8A%9B%E5%92%8C%E4%BC%91%E6%81%AF%E8%AE%A1%E6%97%B6%E5%99%A8/id1423210932?mt=12

3. Microsoft To Do

微软出品! 界面很干净, 免费无广告, 使用体验一绝. 作为一个滞留国内的留美博一新生, 用来记作业、整理待办事物可太好用了. 而且支持全平台哦. windows和android都是有的, 至于iOS平台我猜大概率也是有的.

https://apps.apple.com/cn/app/microsoft-to-do/id1274495053?mt=12

4. Termius

在Windows下连接服务器比较好用的是Xshell和mobaxterm. 在MacOS平台下, 我目前用下来最好用的就是这个termius了. 当然也有很多人推荐iTerm2, 这个我也有在用. 奈何服务器比较多, 而iTerm2并没有提供一个方便的存储多个Host的功能. 感觉上iTerm2比较适合替代mac的原生terminal. 道友们有什么别的工具推荐的呀?
https://www.termius.com/mac-os

android

航旅纵横

这个app是真的强推~特别是要经常坐飞机的朋友. 首先这个app是国家队, 开发者是中国民航信息官方, 查起落时间, 查行李转盘, 查延误, 查现在飞到哪儿了, 就都很方便. 大概是除了不能买票以外, 什么都能干了. 支持iOS和android.

http://www.umetrip.com/webStatic/about/download.html?hrefParam=cli

iOS

Goodnotes 5

前段时间入手了一个ipad. 为了避免“买前做笔记, 买后爱奇艺”的尴尬处境, 于是试用了很多的笔记软件. goodnotes是目前为止用着还算顺手的工具, 为此还掏了¥50大洋. 比较方便的一点是它还有一个mac版本, 虽然在mac上记笔记没有用pad那么顺滑(有一说一, 体验不咋地), 但是只要能通过mac版本把我电脑里的pdf文件导入到软件里再用ipad打开做笔记就可以啦~另外也可以在pad上做好笔记之后, 在电脑上打开进行复习(别问, 问就是滞留国内上网课😢). 只要不在mac上进行写写画画, 光查看是没啥毛病的. 所以有木有朋友有更好的做笔记的方法呀~求分享!

https://apps.apple.com/cn/app/goodnotes-5/id1444383602

讨论

之前跟朋友讨论过怎样才能「做出好的结果」(或者说能发大文章), 仔细斟酌了一下, 我的拙见是要有:
好的点子
砸大量的钱
先进的实验技术、仪器(冷冻电镜、自己实验室开发的测序技术、单细胞或者空间转录组等热点技术等等)
独特的实验材料(比如摩尔根的白眼果蝇)
大量的数据(比如上面提到的20000+的公共拟南芥RNA-seq数据)

当然以上的几点也并非互斥, 而是可以互相叠加的,总而言之就是一个「稀缺性」. 如果可以的话想跟大家讨论一下这个想法💡

另一个想讨论的话题是情感问题. 很早之前就听到一个两难问题:「两个人在一起是要相似还是互补比较好呢?」后来听到一个还蛮中肯的回答叫做「性格相似, 需求互补」, 仔细品了品, 感觉确实是不错的答案. 不知道各位道友怎么看呢? 想听听看大家的想法呢.

交流

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