R软件安装注意：

R一定那个要安装在英文路径，整个路径不要有中文，此外系统名字也最好用英文，不然temp目录也会有中文，后续软件临时储存也会报错，解决方法就是建一个新的temp文件夹，并修改默认temp目录。

A. 安装软件：

1. cpan的安装

install.packages()

2. B2. ioconductor安装

BiocManager：install('')

3. Github安装

devtools::install_github('yanlinlin82/ggvenn')

4. 通用：

BiocManager：install('ggplot2')
BiocManager：install('yanlinlin82/ggvenn')

B. 修改源（一次性的，每次打开需要重新设置）：

cpan
options(repos="http: //mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")

Bioconductor
options(Bioc_mirror="http: / /mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")

C. R 里面for循环

gene_total=0
gene=c(1,2,3,4,5,6,7)
for(i in gene){
  gene_total=i+gene_total
}
gene_total
[1] 28

D. 设置示例数据(生成data.frame)

sample1<-c(3,120,39,23,23)
sample2<-c(5,NA,12,22,32)
sample3<-c(287,33,34,0,49)
sample4<-c(41,31,33,78,3)

data=cbind(sample1,sample2,sample3,sample4)
row.names(data)=c("gene1","gene2","gene3","gene4","gene5")
data
   sample1 sample2 sample3 sample4
gene1       3       5     287      41
gene2     120      NA      33      31
gene3      39      12      34      33
gene4      23      22       0      78
gene5      23      32      49       3

E. 求平均值

apply(data,1,mean) #第一个参数是输入数据，第二个参数1是按行，2是按照列，第三给参数是函数

gene1 gene2 gene3 gene4 gene5 
84.00    NA 29.50 30.75 26.75 

apply(data,2,mean)
sample1 sample2 sample3 sample4 
   41.6      NA    80.6    37.2

F. 导入数据

gene_exp <- read.table(file = 'data/R_basic/gene_exp.txt',
                       sep = '\t',
                       header = T,
                       row.names = 1)

G. 写出数据

write.table(gene_exp,"test.csv",header=T,sep = "\t")

H. 保存图形为pdf文件

pdf(file="test.pdf"，width= 7, height=7) #打开一个空白test.pdf
pheatmap(xxxxx)  #绘图1
pheatmap(xxxxx)  #绘图2
pheatmap(xxxxx)  #绘图3
pheatmap(xxxxx)  #绘图4

dev.off()#保存所有绘图