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微生物软件流程测试之数据模拟

微生物软件流程测试之数据模拟

作者: XuningFan | 来源:发表于2020-11-06 17:44 被阅读0次
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测序模拟器的系统综述:计算工具,功能和观点
原文来自《Systematic review of next-generation sequencing
simulators: computational tools, features and
perspectives》

一方面为了缩短软件周期,另一方面为了测试软件的精准性,我们既需要已发表的标准的测试数据集合,又需要模拟数据集,因此目前已经开发了许多基于NGS的数据模拟工具,它们可以基于一组已知测序数据的参数来模拟测序数据。例如,Ruffalo等。使用NGS模拟器ART 生成的模拟测序数据评估工具(LoQum),以重新校准短映射读段的质量。
用模拟数据来测试 family-based variant calling 算法。

一般而言,NGS模拟是一个重要过程,可通过模拟NGS模拟来创建高通量原始测序数据。

Review of NGS-based DNA/metagenomic sequencing simulators
NGS模拟器发展过程:


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NGS DNA模拟器核心软件:

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NGS
RNA模拟器核心软件:


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文章下载地址:https://academic.oup.com/bfg/article/16/3/121/2453170

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