# 多序列比对
mafft --auto raw.fa > mafft.out
seqkit seq -w 0 mafft.out > mafft.fasta
# 裁剪序列
trimal -in mafft.fasta -out mafft_trimal.fasta -automated1
# 用不同的模型计算
FastTree -boot 1000 mafft_trimal.fasta > JTT_20230913.tree
FastTree -lg -boot 1000 mafft_trimal.fasta > lg_20230913.tree
利用单拷贝基因构树利用orthofinder寻找单拷贝基因构建系统发育树 - Zhz Blog (zhouxiao...
计算机知识 $ vim ~/.bashrc 序列处理 构建系统发育树 本地比对 基因家族代码
参考：构建多基因的系统发育树 - 知乎（侵删致歉）[https://zhuanlan.zhihu.com/p/10...
上一步我们已经获得了我们用来构树的同源基因集，这里就用这些基因构建系统发育树。我们所需的单拷贝基因和对应的每个Or...
转自：宏基因组 ，舟行天下 相信有很多读者都会用MEGA软件进行系统发育树的构建，Mega是一款简单易用的系统发育...
构建物种的系统发育树，计算kaks值或者比较基因组学和进化的其他分析都少不了需要寻找同源基因。之前已经介绍过Ort...
系统发育树的构建 现有的方法 系统发育树构建方法的优劣 link 选择：一般情况下，若有合适的分子进化模型可供选择...
在比较基因组分析中，我们经常需要分析不同基因组之间的进化关系，例如我们可以使用标记蛋白来构建系统发育树。为了进行定...
IQ-TREE：最大似然法构建精确、快速、灵活、广泛的系统发育树 IQ-TREE自2011年就已经开发并开源，至今...
一. 群体结构评估 1.群体结构 群体结构评估内容构建系统发育树群体结构分析PCA（主成分分析） a.系统发育树 ...
本文标题：快速构建多个基因的系统发育树
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/gjukpdtx.html
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