openbabel的pybel

Pybel

Pybel 提供了方便的函数和类，让用户使用Open Babel libraries更方便！尤其是 file input/output，以及获取分子的属性。Pybel的函数和类可以与openbabel的OBAtom/OBMol模组进行自由转换。

python项目中，为使用Pybel，需要先 import pybel 或 from pybel import *

原始文献：http://openbabel.org/docs/2.3.1/UseTheLibrary/Python_Pybel.html#id1

Draw函数、原子2D坐标

The draw() method of a Molecule generates 2D coordinates and a 2D depiction ofa molecule.

The defaultoptions are to show the image on the screen (show=True), not towrite to a file (filename=None), to calculate 2D coordinates(usecoords=False) but not to store them (update=False).

原子3D坐标（Atom(OBAtom)类的参数：coords）

If a molecule does not have 3D coordinates, they can be generatedusing the make3D() method. By default, this includes 50 steps of a geometryoptimisation using the MMFF94 forcefield.

读取分子

readfile(format, filename, opt=None)函数  返回的是iterable的迭代器。

readstring(format,string,opt=None)函数 返回一个分子

#使用next函数读取下一个分子：mol=next(readfile("smi","myfile.smi"))

#使用list函数将所有分子排成列表：mols = list(readfile("smi", "myfile.smi"))

#计算总共有多少个原子：

atomtotal = 0 for mol in readfile("sdf", "head.sdf"): atomtotal += len(mol.atoms)