STAR比对：too many reads unmapped:

之前遇到过这样的问题，这次又出现了，避免忘记，记录一下。

1. qc一下，看看reads分布，注意一下adapter、reads quality等等，考虑trimm掉一定的长度继续比对试试看。

2. 测通了。例如PE300的建库，我捕获的片段大多数小于300，PE测序后得到的R1和R2就会存在一定的overlap，STAR比对时（例如我们建立的index是基于300bp长度的），这就会导致较多的reads因过短mapping不上去。--peOverlapNbasesMin考虑用上这个参数，适当增大允许的overlap数来拯救这些reads。对了，判断捕获片段小于300，通过bam文件去看看inser size的分布就可以知道了。

3. 考虑样本问题：实验原因？采样问题？物种？一般前两点就能解决问题，如果到了这里，就慢慢折腾去吧。