RNA-seq :用conda安装RNA-seq所需要的工具

（主要摘自Y大宽的文章https://cloud.tencent.com/developer/article/1332363）

一 安装miniconda

复制地址

mkdir src 

cd src  

~/src$ wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh

~/src$ bash Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh

配置conda环境

先启动conda环境

source ~/miniconda3/bin/activate

conda search bwa

结果搜索不到，需要添加channels

添加频道

复制以下命令

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ 

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 

conda config --set show_channel_urls yes  

回到linux粘贴

另外再添加第三方频道

下面这个一定添加

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

接下来安装bioconda频道

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 

用vim进行查看

vim ~/.condarc 

二 管理环境变量 安装python2环境

启动minicon3环境

source ~/miniconda3/bin/activate
#查看conda环境#
conda info --envs

可以看到只有miniconda3，但是有些软件比如macs2是在python2环境

conda重新建立一个python2环境

conda create -n python2 python=2 

这样可以安装python2环境，会装上新的依赖包，创建新python2环境。安装完成后，会提示如何启动python2环境

conda activate python2 

三 用conda安装转录组分析软件

-hisat2 samtools sratoolkit

-htseq-count

-fastqc trimmomatics

生信技能树RNA-seq基础传送门需要的软件，具体移步http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html

python3环境（base）  
 
conda install fastqc trimmomatic（conda可以同时指定两个软件安装）

biocondahttps://bioconda.github.io/recipes.html#recipes搜索htseq-count软件

注意要在python2环境下安装htseq，先启动python2环境

source activate python2
conda install htseq(/一定注意不能再当前环境python3安装，要启动python2环境！我不小心按了y，在python3安装完成了，然后用conda install htseq卸载） 
conda install htseq -y
启动htseq-count
htseq-count

继续搜索hisat2

回到python3环境安装（base）

source deactivate
conda install hisat2 
conda install hisat2 sra-tools -y  #注意原视频这里有点小错误，应该是sra-tools，不是sratoolskit

END