学习小组Day3笔记--hui莹宋

今天的内容比昨天复杂太多了，操作过程中遇到了问题，经过多次摸索和尝试，问题最终解决了。今天学习的内容是Linux如何安装软件。

Linux如何安装软件

关于conda

其实就是Linux的应用商店，生信领域选择miniconda就可以了

下载miniconda

谷歌“miniconda清华”，选择“Anaconda|镜像站使用帮助”这一词条，进入下载链接可以看到很多，找到最新版本的（latest），然后根据服务器选择要64位还是32位，查看服务器位数输入命令uname -a即可。接下来不是直接点击下载，而是右键-复制下载链接。
接下来，登录服务器，进入biosoft目录，没有就新建。
使用wget命令，即wget 刚复制的链接（中间有空格，粘贴时直接鼠标右键）。
接下来就是安装miniconda:输入命令bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 然后就是enter和yes。关于安装有一个演示视频
最后是激活，输入命令source ~/.bashrc。这一步在执行前首先退出biosoft目录
然后输入命令conda ，如果出现满屏字母说明成功了，否则不成功。
最后一步添加镜像,输入如下命令。(来自生信星球)

 # 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

开始使用conda

查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list
搜索conda软件fastqc（举个例子） conda search fastqc
安装软件 conda install fastqc -y （-y是yes）如果想指定版本则 conda install fastqc=0.11.7 -y
卸载软件 conda remove fastqc -y

conda 环境是什么

如果执行A项目要用到某软件的1.0版本，而执行B任务要用其2.0版本，这种情况下就需要分身。按照不同项目制定不同分身，安装不同软件，互不干扰，这个分身就是conda环境。

关于conda环境的操作

查看当前conda有哪些环境conda info --envs
若处理转录组数据，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
再次查看conda环境 conda info --envs
激活新的conda环境 conda activate rna-seq
退出当前环境 conda deactivate

以上是今天的学习成果。感谢老师及时的答疑。