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照葫芦画图之统计描述(三)

照葫芦画图之统计描述(三)

作者: 生信宝库 | 来源:发表于2022-03-01 13:37 被阅读0次

    说在前面

    本次推文是统计描述的最后一节,此系列的前两节是专门为生信新手入门简单作图所准备的,本次推文我们就来展示一下已经发表的文章中,对统计学描述结果进行展示,并且比较有价值的图表进行复现。

    这两张图是Immugent最近在读文献时碰到的,开始还是很好奇这是哪一路神仙,细细读完图注后发现,只不过是对数据分布进行进行展示。

    图片

    话不多说,我们下面就来复现这幅图。


    代码实现

    首先,复习一下前两节所学的,对数据先来一个大致了解。

    library(ggplot2)
    library(ggpubr)
    theme_set(theme_pubr())
    
    data("HairEyeColor")
    df <- as.data.frame(HairEyeColor)
    head(df)
    
    ggplot(df, aes(x = Hair, y = Freq))+
      geom_bar(
        aes(fill = Eye), stat = "identity", color = "white",
        position = position_dodge(0.9)
      )+
      facet_wrap(~Sex) + 
      fill_palette("jco")
    
    图片

    考虑到上两节没有讲气泡图的画法,那就再来两种气泡图。

    ggballoonplot(housetasks, fill = "value")+
      scale_fill_viridis_c(option = "C")
    
    df <- as.data.frame(HairEyeColor)
    ggballoonplot(df, x = "Hair", y = "Eye", size = "Freq",
                  fill = "Freq", facet.by = "Sex",
                  ggtheme = theme_bw()) +
      scale_fill_viridis_c(option = "C")
    
    图片 图片

    好的,下面主角要登场了,然而一行代码就能搞定!

    library(vcd)
    mosaic(HairEyeColor, shade = TRUE, legend = TRUE) 
    
    图片

    小结

    从这个图的绘制过程中,我们可以想到的是,其实很多文献中那些高达上的图在理解其内在含义后都很简单;此外,找对工具很重要,如果找不到“vcd”这个包,估计还要折腾很久才能做出类似的图。

    好啦,到此,“照葫芦画图之统计描述”系列的三篇文章均已更新完毕,大家如果有其它想学习的图表可以通过后台和我们联系,感谢大家的一路支持!


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