2019-06-03

实验记录1

1、将home/zhuqh/data/01210122shuju文件夹中的三次测序所得原始数据改名，格式为下图。其中只改了R1和R2，主要是将L1-3改为L001-003；X47-1到X47-4改为S1到S4；X48-1到X48-4改为S1到S4.

2、利用https://www.jianshu.com/p/3d6c5437b8b6和https://www.jianshu.com/p/30de2aea4b74和10*genomics实战/fastqc中的作业格式写了跑cellranger的作业，见cellrangerzuoye.txt，在平台提交后有了问题，明日解决。

1）cellranger软件的路径是/home/zhuqh/data/cellranger-3.0.2/中。cellranger-3.0.2只是一个文件夹。

例如想要看一下cellranger的帮助，如当前在data目录下，那么就需要./cellranger-3.0.2/cellranger -h命令；如在cellranger-3.0.2目录下，那么就需要./cellranger -h命令。

想要运行什么东西一定要指定清楚路径。