除了人类和鼠的数据在cellranger上有索引文件外，我们更多的时候研究的是非模式生物。现在就从头创建一个基因组的索引文件，这里以玉米为例子。
使用的cellranger版本是V7.2.0

1. 创建基因注释文件

cellranger mkgtf ~/maize/genome/Zea_mays.B73_RefGen_v4.42.gtf Zm442.gtf --attribute=gene_biotype:protein_coding

可以通过指定参数--attribute=gene_biotype:protein_coding来只提取编码基因。

2. 创建基因组索引文件

cellranger mkref --genome ref_Zm442 --fasta ~/maize/genome/Zea_mays.B73_RefGen_v4.42.fa --genes Zm442.gtf --nthreads 24 --memgb 64 

参数：
--genes 该文件第一步的输出的结果
--genome 是指定输出文件夹名称
--nthreads 指定使用的cpu数量
--memgb 指定使用的内存数量，单位是G.
生成索引文件夹名称是ref_Zm442,文件内容结构如下

 [4.0K]  ref_Zm442
│   ├── [4.0K]  fasta
│   │   ├── [2.0G]  genome.fa
│   │   └── [9.2K]  genome.fa.fai
│   ├── [4.0K]  genes
│   │   └── [ 31M]  genes.gtf.gz
│   ├── [ 467]  reference.json
│   └── [4.0K]  star
│       ├── [1.6K]  chrLength.txt
│       ├── [4.8K]  chrNameLength.txt
│       ├── [3.2K]  chrName.txt
│       ├── [2.9K]  chrStart.txt
│       ├── [ 40M]  exonGeTrInfo.tab
│       ├── [ 16M]  exonInfo.tab
│       ├── [1.9M]  geneInfo.tab
│       ├── [2.1G]  Genome
│       ├── [1.3K]  genomeParameters.txt
│       ├── [ 17G]  SA
│       ├── [1.5G]  SAindex
│       ├── [6.8M]  sjdbInfo.txt
│       ├── [6.7M]  sjdbList.fromGTF.out.tab
│       ├── [5.4M]  sjdbList.out.tab
│       └── [9.1M]  transcriptInfo.tab

3.cellranger进行定量分析

cellranger count \
--id=sample345 \
--transcriptome=database_path \
--fastqs=fastq_path \
--sample=mysample \