Anaconda的安装可能遇到的问题和使用Anaconda安装生物软件实例

我们下载很多的生物软件后需要给其配置相应的环境，但是利用Anaconda安装生物软件可以直接帮你配置好软件运行所需要的环境，简化了安装过程，十分方便.我参考周鹏同学的论坛发现同学分享的方法，这里记录一些安装遇到的一些小问题.

一.下载Anaconda

可以将Anaconda下载到自己的Biosofts文件夹

cd  ~/Biosofts
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh

然后将其解压

sudo sh Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh

并设置环境（注意要返回到home目录下）

cd ../.. #返回到home下
echo 'export PATH=~/anaconda3/bin:$PATH' >>~/.bashrc
source ~/.bashrc
conda --version

配置Python环境

conda create --name python27 python=2.7 -y
conda create --name python34 python=3.4 -y
conda info -e

并且添加软件源

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
#依次在终端输入即可，为添加的4种软件源
conda config --get channels

二.利用Anaconda下载软件

以bowite2为例

conda install bowtie2

但是很可能会遇到授权失败

image.png

这时需要将Anaconda的权限加入我的用户及其用户组

sudo chown -R XXX:XXX home/XXX/anaconda3 #XXX为用户自己的用户名

处理好之后会出现

image.png

bowite2就安装完毕了

（以上步骤在参考了同学分享的文章后做的部分整理）

三.可能遇到的一些小问题

这里是自己遇到的一些导致安装无法正常运行的小问题，也可以说是一个不好的习惯
在进入终端后习惯性进入超级用户

image.png

此时可以看见自己其实在root目录下，也就是说下载的文件会转移到root目录下而不会在自己的home/XXX目录下
此时执行

chown -R XXX:XXX home/XXX/anaconda3 #为超级用户，省略sudo.XXX为用户自己的用户名

会找不到anaconda3，因为anaconda3在root下，此时我想将他拷贝到home/XXX目录下.

cd home/XXX  #XXX为用户自己的用户名
sudo cp root/anaconda3./ #将root下的文件anaconda3拷贝到当前目录即home/XXX.

但是郁闷的发现自己的磁盘空间不足，于是想参考老师的方法拓展磁盘空间，最后由于麻烦我没有去拓展空间而是重新创建一个磁盘空间组足够大新的虚拟机重新来过.
并且按照上述方法成功安装了Anaconda.