R学习笔记：R升级与包的查看和引用

R升级

在RGui界面，按如下步骤升级R：

1. 安装installr包。

install.packages("installr")

2. 调入installr包，检查和升级。

library(installr)
check.for.updates.R()
installr()

3. 安装新版本的R。安装过程会有一系列询问框弹出，询问诸如是否迁移旧R中的包，是否更新包等。
4. 安装完成后，删除旧版本的R。

注意：其实安装installr包后，会在RGui界面添加一个installr的菜单，进行菜单操作来升级。

查看R的包

1. library() 在新窗口中查看已经安装的包的列表。
2. installed.packages() 在控制台查看各个包的安装路径、版本号等信息。
3. .packages(all.available=T) 在控制台中显示已安装包的名字，只显示包的名字。
4. help(package="包的名称") 在新窗口中查看包内的函数及说明。
5. getOption("defaultPackages") 查看默认加载的包，忽略基本的包。
6. (.packages()) 查看当前已经加载过的包。
7. (.packages(all.availabel=TRUE)) 查看所有可用的包。
8. detach(package:包的名称) 卸载包。主要是为了避免某些包中的函数名称相同，造成冲突，注意与library()的参数不同。

自定义启动R时加载的包

自定义R的启动环境，把工作中常用的包和函数。关键是找到并修改Rprofile.site文件。例如：

file.edit(".Rprofile")
library(ggplot2)

或者，直接找开/etc/Rprofile.site文件，加入

local({old <- getOption("defaultPackages")
options(defaultPackages = c(old, "ggplots"))})

调用R包

library() 和 require() 都可以。区别在于:

• library() 只是加载包，加载成功不显示任何信息；加载失败才会显示错误提示。
• require() 会有返回值，如果加载成功，返回值为TRUE，显示加载的包的名称;如果加载失败，返回值为FALSE，显示警告提示。
• library() 加载速度快，日常操作更常用。 require() 有返回值，更多用于编程。

在文章中引用包

例如：

citation(package = "ggplot2")

显示以下信息：

To cite ggplot2 in publications, please use:
H. Wickham. ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis.
Springer-Verlag New York, 2016.
A BibTeX entry for LaTeX users is
@Book{,
   author = {Hadley Wickham},
   title = {ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis},
   publisher = {Springer-Verlag New York},
   year = {2016},
   isbn = {978-3-319-24277-4},
   url = {https://ggplot2.tidyverse.org},