——by不是杀杀
在生信的学习过程中，非常多的工具没有办法在Windows下运行，因此服务器的使用是无法避免的。想要简单快捷地拥有一个能随意使用的服务器，除了向课题组服务器管理员申请创建账号外，还可以在win下安装一个虚拟机搭建Linux工作环境，或者租一朵云。租一朵云能够轻松解决局域网内才能链接服务器的问题，可以做到随时随地写代码，是个不错的选择。
首先在win端的我们要如何连接上服务器呢，这边推荐几种比较简洁的软件
- putty
- Git bash
Git是目前世界上最先进的分布式版本控制系统，Git bash可以看作是在win下模拟集成的Linux环境，通过Git bash我们就能够使用SSH连接上我们的服务器。
登录服务器
ssh 用户名@主机名/ip
服务器的免密登录
每次登录都要输入一次密码，非常麻烦和繁琐，ssh提供一种免密登录（公钥登录）的办法：公钥登录，可以让服务器识别客户端（Windows端）的身份直接登录。在公钥非对称体系中，公钥加密的只能用私钥解密，因此我们在客户端上生成一对密钥对（公钥+私钥），然后将公钥放到服务器上，在连接服务器时，客户端向服务端发起登录请求，并传递公钥到服务端，服务端检索存放公钥的文件，确认该公钥是否存在，如果存在该公钥，则生成随机数R，并用公钥来进行加密，生成公钥加密字符串，接着将公钥加密字符串传递给客户端，客户端使用私钥解密公钥加密字符串，得到R，并传递给服务器，如果客户端传来的加密字符串等于服务端自身生成的加密字符串，则认证成功。那么实际操作中我们该怎么做呢
- 客户端生成密钥对(公钥+私钥)
# 在客户端执行如下命令生成密钥对
# -b 指定密钥位数
ssh-keygen -C "备注信息" -b 4096
- 把公钥放到服务器上（用户目录/.ssh/authorized_keys）
默认在home目录的.ssh 文件夹下生成一个id_rsa和id_rsa.pub配对的两个文件
将公钥中的全部内容(就是一行)拷贝到服务器上的 ~/.ssh/authorized_keys
当然以上两个步骤也可以在Windows端（Git bash里）用ssh-copy-id命令一键完成
ssh-copy-id user@hostname
- 允许公钥登陆
#修改/etc/ssh/sshd_config文件
PubkeyAuthentication yes
添加用户
由于root拥有着至高无上的权利（容易搞崩服务器），添加用户也是保护服务器的必要操作。
添加用户可以用adduser或者useradd进行
useradd
useradd仅仅是创建了一个用户，并没有在/home目录下创建同名文件夹，也没有创建密码，因此是没有办法通过这个用户进行登录的，但是可以通过以下方式完成
useradd -m 用户名 #的方式进行创建，这样会在/home目录下创建同名文件夹
passwd 用户名 #为指定的用户创建密码
adduser
adduser可以将上诉过程一步到位
adduser 用户名 #其实就是集成了上诉几行命令的更加人性化的命令
删除用户
userdel -r 用户名 #连同/home目录下的文件夹一起删掉
Linux常用命令
cat：（concatenate）用于链接文件并打印到输出设备上，还可以用来将两个文件连接起来
less：可翻页查看文件
pwd：获取当前路径
ls：查看当前目录下文件 （-a 查看隐藏文件，-lh亲切而又好地查看文件详细信息
重命名：mv 或 rename
rename可以批量修改文件名： rename .txt .tsv *
rm ：删除文件 （-r 递归删除，用于删除文件夹
tar： 文件归档
tar xz ：解压文件
tar cvf 压缩后的文件名及所在路径（打包成什么） 要压缩的文件位置（从哪里打包）
｜：管道符（pipe） 将上一个命令的输出作为下一个命令的输入
df ：查看磁盘空间
sort： 排序（-u 可以去重
wc ：word count 字数统计
grep： 匹配 例如：grep human genomes.txt 在这个文件中把所有包含human的行输出
diff：文件对比，一行一行进行对比，找差异
comm： 文件对比，找相同
搜索命令的方式：
查看帮助文档:
-h
--help
man
ifo
不知道命令叫什么的情况下关键词查找相关命令:
apropos
增加服务器使用体验感的一些软件
-
fish
体验感比bash好，可以替代bash使用 -
tmux
tmux是一个终端复用器（terminal multiplexer），我觉得这是一个非常有用的软件，可以避免窗口关闭后进程自动结束。我们使用命令行时，打开一个终端窗口, 会话开始，关闭此终端窗口，会话结束，服务会话随之被关闭。有时我们希望我们运行的服务或命令等被保留，而不是关闭窗口再打开后，重新手动执行。tmux可以使无论我们何时、何地链接服务器都能回到原来的对话中。
tmux的基础使用
ctrl-b + c 新建window
ctrl-b + n 下一个window
ctrl-b + p 上一个window
ctrl-b + , 重命名window
ctrl-b + & kill window 强制退出
ctrl-b + % 左右分屏
ctrl-b + " 上下分屏
ctrl-b + ! 将当前的pane 拆成独立的window
ctrl-b + [ 看历史记录
ctrl-b + 数字 跳转到指定的window
ctrl-b + d deatch, 从当前的session中分离，不退出正在运行的程序
tmux a(ttach) 重新接入某个已存在的会话
tmux的分屏功能非常实用（还能使页面看起来非常厉害
-
htop 比top更好看和直观的进程查看器，是高级版的top
htop
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