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R 语言 PCA画图

R 语言 PCA画图

作者: 每天都在进步的FFOO | 来源:发表于2021-08-05 15:37 被阅读0次

    画PCA
    输入矩阵,分组



    可以多个分组

    dat=as.data.frame(t(exp))
    library(FactoMineR)
    library(factoextra) 
    dat.pca <- PCA(dat, graph = FALSE)
    fviz_pca_ind(dat.pca,
                 geom.ind = "point", # show points only (nbut not "text")
                 col.ind = group_list, # color by groups
                 addEllipses = TRUE, # Concentration ellipses
                 legend.title = "Groups"
    )
    
    ggsave('all_samples_PCA.png')
    

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