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新手须知的函数R包脑回路

新手须知的函数R包脑回路

作者: 小洁忘了怎么分身 | 来源:发表于2019-03-13 10:02 被阅读83次

    1.找不到某个函数

    x <- str_c("doudou",1:3)
    Error in str_c("doudou", 1:3) : could not find function "str_c"
    

    解决方案,先?str_c看帮助文档,看这个函数属于哪个包,然后安装这个包。有时一个问号不行,需要两个问号,再找不到,就要去百度搜索啦。

    > ?str_c
    No documentation for ‘str_c’ in specified packages and libraries:
    you could try ‘??str_c’
    > ??str_c
    

    箭头所指就是包名。


    2.不存在某个包

    library(GSVA)
    Error in library(GSVA) : 不存在叫‘GSVA’这个名字的程辑包
    

    两个原因:
    (1)拼写错误,多使用tab键补齐,就可以避免这个错误。
    (2)没有安装成功:R包安装时如果出现error(报错),那就是失败了。需要重新安装一遍,如果还是不行,就看它报错是不存在哪个包,就重新安装哪个包。这种情况是依赖关系没有解决好,跟个人电脑有一定的关系,要知道怎么解决:不存在谁,就安装谁。

    3.怎么安装

    install.packages("stringr")
    BiocManager::install("GEOquery")
    

    需要知道R包来源在哪里。CRAN的包用install.packages,biocductor的包用BiocManager::install()。不知道的话百度搜索,会找到一个这个包的介绍界面,非常详细,会告诉你如何安装。
    比如:


    http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html
    网络问题不要问我哦。


    还有搜到很多中文教程哦。天下无难事。

    还有一个问题:成功了吗?只要没看到error,我们就默认他成功了。想确认是否安装成功,就library,也就是加载看看。library不提示error,就是成功。
    再强调一下:只要没有error,一切提示信息都可以忽略。比如这些:



    忽略就好

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