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Linux安装R包ggalt遇见的proj4报错

Linux安装R包ggalt遇见的proj4报错

作者: xbinbzy | 来源:发表于2020-12-03 22:12 被阅读0次

    近来在利用R包ggalt以美化pca和pcoa图的展示,在linux环境下安装ggalt时,遇见proj4的报错信息如下:

    configure: error: libproj and/or proj.h/proj_api.h not found in standard search locations.

    *** Install PROJ library and if necessary set PKG_CPPFLAGS/PKG_LIBS accordingly.

    ERROR: configuration failed for package ‘proj4’

    * removing ‘~/Bin/miniconda3/lib/R/library/proj4’ 

    google了下前人的经验:https://github.com/hrbrmstr/ggalt/issues/22、https://github.com/r-spatial/lwgeom/issues/28

    根据前人经验,制定本人的解决方案如下:

    第1步,locate proj.h确认proj.h的路径

    locate proj.h  没有结果显示,提示没安装proj4

    第2步,利用conda安装proj4(没有root权限,无法参考前人sudo yum  install proj-devel)

    conda install -c conda-forge proj4

    第3步,重新locate proj.h确认安装路径

    第4步,在R中设定环境变量以指定proj.h的路径

    Sys.setenv("PROJ_LIB"="~/Bin/miniconda3/include")

    第5步,利用BiocManager安装proj4

    BiocManager::install("proj4",force=TRUE)  成功安装

    第6步,利用BiocManager安装ggalt

    BiocManager::install("ggalt",force=TRUE)  成功安装

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