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python生物信息学数据管理:自测题

python生物信息学数据管理:自测题

作者: M78_a | 来源:发表于2020-04-11 10:57 被阅读0次

    6.1

    #思路
    #1,先把fasta存为一个字典;
    #2,对这个字典遍历,把key和value分别存进2个list;
    #3,取出符合条件的value的list的index,根据这个index再取出key
    
    #!/usr/bin/env python
    import sys
    fname = sys.argv[1]
    f = open(fname,'r')
    o = open("swiss_id.txt",'w')
    lines = f.readlines()
    aDict={}
    id=[]
    seq=[]
    id_index=0
    print(lines)
    for i in lines:
        if i.startswith(">"):
            a= i.strip()
            aDict[a]=''
        else:
            i=i.strip()
            aDict[a]=aDict[a]+i
    print(aDict)
    
    for k,v in aDict.items():
        id.append(k)
        seq.append(v)
    
    for i in seq:
        if i.startswith("M"):
            id_index = seq.index(i)
            print(id_index)
            print(id[id_index])
            o.write(id[id_index])
    f.close()
    o.close()
    #自测题6.1,此题写得有点繁琐了
    #学会根据字典的value值取出key:把key和value分别存进2个list。
    # 取出符合条件的value的list的index,根据这个index再取出key。
    #取出列表index的函数:list.index(列表的某个元素)

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