Autodock使用小技巧

目的：完成基因与化合物的对接

步骤：

1. 安装pymol，autodock tool，chemdraw 3d，vina脚本

2. 首先NCBI下载化合物2D结构，用chemdraw 3d转化为3D结构，保存为.mol2格式

3. RCSB PDB 网站下载合适的基因蛋白三维图，注意对应配体以及基因符号名是否是需要的

4. 用pymol软件进行蛋白配体的拆分，分别保存文件

5. 用autodock tool软件将化合物、配体、蛋白分别保存为.pdbqt格式，并且找出配体中心坐标

5. 填写conf文本，将标准蛋白受体、中心坐标、长宽高填入进去；编辑对接脚本文件，注意vina安装路径不要有中文，如果批量运行，直接*就可以

6. 脚本运行后得到文件，有几个mode的亲和力，和log文件；再用pymol将化合物和蛋白对接，查看氢键，输出图片.png格式

注意：

1. 如果没有对应蛋白的PDB ID，可用swiss model建模，再输入进网址查看活性口袋，下载参数，输入ADT获得中心坐标，再进行后续对接

2. 也可从STRING导入SWISS MODEL得到蛋白3D结构