Linux基本操作

声明：小的只是网上各种资源 的搬运工，文章主要内容来自于对https://www.bilibili.com/video/av62588575/该视频的总结，和自己平时用到的那么一点点。

生物信息学分析经常会用到Linux操作系统。个人感觉Linux操作系统与Windows最大的不同就在于Windows是可视化的，“傻瓜式”操作，鼠标点击；而Linux需要输入代码来让计算机执行命令。

1 从windows到linux

这里给出Linux里面的一些基本命令，对应Windows里的一些基本操作。

在最开头先给出一个网站：http://man.linuxde.net/，这个网站会给出Linux命令的中文说明，亲测好用。

ls #显示目录内的内容

note：在Windows，每进入一个目录，在里面有什么就会直接图表显示出来，但Linux不是，需要输入ls查看。

ls -h #查看ls命令所有的参数

ls -l #显示文件和目录的详细信息

pwd #查看当前路径

mkdir #新建一个目录

mkdir -p opt/bin #创建层级目录，要加-p

cd #进入某一目录

cd dir/in_dir #进入到一个目录内的一个目录

cd .. #回到上一层目录

cd ../other_dir #回到上一层目录并进入其他目录

cd ../.. #回到上一层的上一层目录

mv #既可以移动文件位置，也可以用来重命名目录或文件

rm -r #用来删除目录或者文件，强力删除

rmdir #删除目录

我们在这里举个例子，把上面的命令连起来操作

mkdir software #新建一个名为software的目录

cd software #进入名为software的目录

ls #查看当前目录的内容

cd ..#会到上一级目录

mv software new_folder #将目录software更名为new_folder

rm -r new_folder #删除目录software

rmdir new_folder  #删除目录software

2 vim——Linux自带的文本编辑器

Linux自带一个文本编辑器软件vim，可以写txt和sh文件（别的我没试过）

vim abc.txt #建立txt文件abc并编辑

vim abc.sh #建立sh文件abc并编辑

敲Insert键或者i，进入编辑模式

编辑完成后，敲Esc，退出编辑模式

然后输入

:wq

如果不想保存此次编辑内容，输入

:q!

sh abc.sh #运行该脚本文件，比如我们要运行多个命令，可以把命令编辑到一个脚本文件里，然后运行该脚本文件

3 安装软件

在Linux里除了最基本的操作，为了数据分析，就是安装各种各样的软件了，至于每个软件的命令如何输入，就要看软件自带的操作指南了。

3.1 自己安装

wget #wget后面加软件包的下载地址，就可以进行下，比如：

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh--no-check-certificate #下载miniconda3的软件包，有的时候报错，后面可加--no-check-certificate试一下

git clone git://github.com/… #若果要下载的东西在github网站，也可以试试这条命令

tar xzf name.tar.gz #解压缩tar.gz压缩文件

tar xzf name.tar #解压缩tar压缩文件

tar xzf name.tgz #解压缩tgz压缩文件

gunzip name.gz #解压缩gz压缩文件

我们这里演示安装seqkit的整个流程：

第一步是下载安装

mkdir software #建立software目录

cd software #进入该目录

wget http://app.shenwei.me/data/seqkit/seqkit_linux_amd64.tar.gz #下载seqkit软件安装包，

ls #查看内容

tar xzf seqkit_linux_amd64.tar.gz #解压缩

rm seqkit_linux_amd64.tar.gz #解压缩之后我们可以将压缩包删除

第二步是设置环境变量，以便调用命令

./seqkit #./dir意味着执行当前目录下的命令。此时sekit还没加入环境变量，因此直接输入seqkit是会报错的

echo $PATH #查看环境变量，加$用来表示后面为变量名

export PATH=$PATH:~/software #将seqkit短时间添加到环境变量的方法，短时间指的是这次登录，下次就没有了。或者：

export PATH=$PATH: /lustre/home/liruyuan/software #以/开头的是绝对路径，比如这里的/lustre/home/liruyuan/software，我们也可以用相对路径~/software

那么如何永久地添加到环境变量？我们要把添加环境变量的命令写入到配置文件中

一种方法是vim编辑

vim ~/.bashrc

敲Insert进入编辑模式

输入export PATH=$PATH: /lustre/home/liruyuan/software

敲Esc退出编辑模式后输入

:wq #保存本次编辑

source ~/.bashrc #使刚才的操作生效

还有一种方法是

nano ~/.bashrc

直接输入export PATH=$PATH: /lustre/home/liruyuan/software

然后ctrl+o#写入 ctrl+m，ctrl+x#退出

source ~/.bashrc #使刚才的操作生效

我们可以输入seqkit，如果能出来内容，说明添加到环境变量成功

3.2 利用Conda安装软件

个人的理解是conda就像windows里面的软件管家，用它来安装比较简单快捷。

用conda安装软件的第一步是你已经安装了conda，这里我们一般选择安装Miniconda。

下面是安装Miniconda的代码：

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh --no-check-certificate #miniconda3的下载

ls #查看当前目录内容，确保下载下来了

sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安装MIniconda3，在这个过程中按提示操作，比如需要输入yes表示同意或者敲Enter确认一些询问信息

source ~/.bashrc #让添加miniconda3的路径可执行

conda config --add channels defaults #Miiconda3软件包频道设置

conda config --add channels bioconda #Miiconda3软件包频道设置

conda config --add channels conda-forge #Miiconda3软件包频道设置

完成以上步骤就可以用MIniconda来安装软件了

conda search blast #查询软件blast

conda install blast #安装软件blast

conda list #查看conda里面都安装了哪些软件

conda uninstall blast #卸载软件

小技巧

1 Tap补全：因为Linux需要输入代码来运行命令，如果我们的文件名或者命令输错，就不能正常运行，这是Tab补全就会发挥很大的功能。Tab补全指的是输入命令或者目录名、文件名，打出来前面几个字母，如果这几个字母对应的命令或者目录名、文件名是唯一的，敲Tab键就会自动补全后面的内容。只有可以Tab补全的命令才可以正常调用，只有可以Tab补全的文件或者目录才存在，因此Tab补全不仅可以帮助提高效率，还帮助避免输错。

2 Ctrl+c 撤销操作输入。如果我们不想计算机再执行上条命令，可以ctrl+c

3 输入clear可以消除之前屏幕上的内容

超算使用的常用命令

很多科研院所都有自己的超算系统，不知道XTBG的超算命令适不适合别的院所的超算，因此把这个放在最后，用不到的读者可以忽略。

bhosts #查看各个节点跑任务的情况

bsub #后面加命令行，说明在超算上跑命令，而不是在节点上

bjobs #查看自己提交的所有任务的运行情况，一般有Run代表正在运行命令，Pend表示被挂起，等待去运行

bkill jobname #终止某一个任务

ssh hostnumber #转移到某个节点

bjobs -u all #查看所有人运行的情况