前段时间我们介绍过两个QTL相关的数据库分别是SNP2APA和lncRNA-QTL。由于只要是和SNP有关的的都可以来分析SNP对于其他性状的影响。所以就会产生很多类型的QTL。例如eQTL、meQTL、pQTL等等等等……。这次就给大家介绍一个检索多种类型QTL调控的数据库:QTLbase(http://mulinlab.org/qtlbase/index.html)
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关于QTL
QTL与xQTL
关于QTL，就是一种把表型和基因的分子标记联合起来分析的统计方法。通过QTL我们可以了解是哪些基因组的标记来影响表型的变化。其中分析标记的最常用的就是单核苷酸多肽(SNP)。而表型的话，可以是很多种类型。这个就延伸出很多种的xQTL。例如eQTL，就是把基因的表达当作表型，来分析样本的SNP对于基因表达的影响。而meQTL就是把甲基化状态看作表型，来分析样本的SNP对于甲基化的影响。
所以简单来说QTL是统计方法。而xQTL就是用QTL的统计方法来分析SNP对于x的影响。
cis-QTL与trans-QTL
cis和trans的定义主要还是取决于相对位置而言的。拿eQTL而言的话，如果一个SNP对于这个基因TSS区域的上下游10M范围内的话，我们认为这个SNP的变化可以直接影响这个基因的表达，所以称之为cis-eQTL。如果在1M范围以外的话，则有可能这个SNP的变化有可能是影响别的基因进而可以影响这个基因的变化。我们称之为trans-eQTLs。
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QTLbase数据库介绍
基本介绍
这个数据库纳入了前期数据收集的过程类似于一个meta。通过检测xQTL来获得目前研究的QTL相关的数据。进而对数据库进行汇总总结。就获得了这样的一个数据库。目前这个数据库包括的QTL的分析一共有这么13种。
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由于都是检索的相关的文献获得的数据，所以我们可以在STUDIES里面查看纳入的具体文献。如果有想要研究的QTL类型也可以阅读其原始文献。
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同时想要获得某一个QTL的所有结果也可以抽到Download当中下载相关的结果。
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数据库使用
至于数据库的使用就很简单了，我们只需要输入想要检索的SNP或者目标表型即可。这个表型可以是基因也可以是一段染色体位置。例如我们输入TP53基因。
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结果的呈现也是很简单明了的。我们检索完就可以看到所有的结果汇总。
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对于具体热图当中的结果，我们也是可以点击的，然后就可以查看具体的某一个组织当中的结果了。
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在具体结果当中，我们可以点击相关的SNP编号，就可以看到在各个人种当中的详细结果了。
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数据库总结
基本上数据库的使用就是这么多，总体来说还是很简单的，由于总结了多个QTL的数据，所以我们可以通过这个数据库查看SNP对于多个QTL调控的功能。如果是研究SNP的话，可以试一下的哦
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