2020-12-26-生信入坑笔记（三）-转录组分析-Hisat

目前主流差异表达分析软件（Deseq2）均是基于counts值，而Hisat2结合cufflinks只能得到FPKM值，那得想办法利用Hisat2软件mapping后得到的bam文件，获得counts值。有两种主流软件：一种是htseq软件（htseq2），但是运行时间长，这里使用一个性能相对较好软件：featurecounts（subread软件-featurecounts）。我使用了自己甘蔗转录组数据bam文件，测试结果表明，使用该软件，一个3.3G的bam文件，所需时间约2-3min就能运行获得。