while condition do statement code .... <condition change statement> done关键字：continue；break
linux系统可以通过shell代码提供强大的批处理能力，想要实现批处理那自然不可避免地要用到循环，自然地就想到shell中常用的两种循环：for和while。大部分情况下，这两种循环方式可以通用，但有些场景使用while更为简洁优雅。
下面咱们就来说说while循环，回到文章开头，可以看到一个循环模板的范式，以while关键字标志开始，后面接着条件，do关键字的下一行开始为正真要执行的代码段，接着改变一下循环的初始条件，最后以done关键字结束标志。具体使用就是，通常情况下先定义循环的初始条件，然后将模板中的condition、statement code、<condition change statement>替换为真实有效的代码即可。
下面咱们先从小学算术开始，来个简单的示例，感受一下while循环的常规用法。例如，计算1 - 100的加和：
sum=0
i=1
while [ $i -le 100 ]
do
let sum=$sum+$i
let i=$i+1
done
echo $sum
这段代码实现了1 - 100的求和，首先定义循环初始条件i=1，然后将condition替换为[ $i -le 100 ] (意思即i <= 100时条件都成立，shell中的比较大小比较运算还有，-eq：等于；-ne：不等于；-gt：大于；-ge：大于等于；-lt：小于；)，statement code替换为let sum=$sum+$i (将i的累加值赋值给变量sum)，<condition change statement>替换为let i=$i+1 (每循环一次i值加1)，最终循环一百次后得到总和。这种常规用法，一定要注意循环条件和每次循环后要修改初始条件，否则很容易出错和陷入死循环。
做生信数据处理时，很少这么使用，配合read使用才更为丝滑，这样会将while循环变得跟for循环一样，无需考虑循环条件。下面来看看具体实例。
最近分析了一批ChIP-seq的数据十多个样本，数据中都掺入了spike-in (之前写过一个帖子介绍关于spike-in的用途，感兴趣的戳这里[spike-in的那些事])，用来全局矫正富集信号。选定一个样本做为参考，得到其他样本的信号矫正因子，然后获得矫正后的信号文件bigwig。
ls mapping_result
sample10.dedup.bam sample12.dedup.bam sample2.dedup.bam sample4.dedup.bam sample6.dedup.bam sample8.dedup.bam
sample11.dedup.bam sample1.dedup.bam sample3.dedup.bam sample5.dedup.bam sample7.dedup.bam sample9.dedup.bam
head -n3 sfactor.txt
sample1 1.0
sample2 0.59662
sample3 0.68959
spike-in在样本中的掺入比例一致，测序后以一个样本spike-in的测序reads为参考，将其他样本的spike-in测序reads矫正到与参考一致，获得矫正因子，然后bam转换为bigwig时乘以因子来矫正信号。
#!/usr/bin/bash
if [ ! -d bam2bw ];then
mkdir bam2bw
fi
cat sfactor.txt | while read sname sfactor
do
bamCoverage -p 6 --scaleFactor $sfactor -b mapping_result/${sname}.dedup.bam -o bam2bw/${sname}.sfactor.bw
done
while + read模式可以从文件或者标准输入读取内容，每次读取一行，循环的次数取决于内容的行数，无需设置循环条件。并且，read读行时可以根据分割符将内容赋值给不同变量，有对应关系的信息放在一行着实方便地很。
当然，如果有集群可用，把上面循环内的命令替换为提交命令，即可使用服务器的并行能力大大缩短运行时间，下面以SGE为例：
#!/usr/bin/bash
if [ ! -d bam2bw ];then
mkdir bam2bw
fi
cat sfactor.txt | while read sname sfactor
do
echo bamCoverage -p 6 --scaleFactor $sfactor -b mapping_result/${sname}.dedup.bam -o bam2bw/${sname}.sfactor.bw | qsub -N $sname -e bam2bw/${sname}.sfactor.e -o bam2bw/${sname}.sfactor.o -cwd
done
while循环还适合用于监控脚本，将condition替换为字符true，将会无限循环，这样可以一直在后台运行用来监控特定的程序。当然，也可以结合if判断语句和关键词continue与break跳出一次循环或者整个循环。
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