我们利用bowtie建立了index的话，接下来是不是可以直接进行比较了呢？那么mapping（是指把数据回贴到参考基因组的这个过程）是如何实现的呢？
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cd /asnas/sunyl_group/liull/snptest/ETYY_1F/bwa
bwa mem -t 5 -R "@RG\tID:L2\tSM:L2\tLB:WGS\tPL:Illumina" /asnas/sunyl_group/liull/Database/hg38/chroms/hg38.fa ./ETYY_1F_D17065907_H2N2HALXX_L2_1_paired.fq ./ETYY_1F_D17065907_H2N2HALXX_L2_2_paired.fq > ETYY_1F_D17065907_H2N2HALXX_L2_paired.sam
samtools sort ./ETYY_1F_D17065907_H2N2HALXX_L1_paired.sam > ./ETYY_1F_D17065907_H2N2HALXX_L1_paired_sorted.bam
1：先cd进入到我的fq的文件夹中
2：利用的是bwa 这个软件，mem模式（这个模式是适用于）70bp-1Mbp的序列比对的，适用于二代测序的结果
3：-t 是规定了线程数
4：-R是给出了头的信息
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我们来仔细看一下代码。我们发现生成文件是2种类型的：bam/sam
问题来了，什么是Bam文件，什么是Sam文件呢？
今天我们就要谈一谈SAM/BAM文件格式。
SAM（The Sequence Alignment / Map format）格式，即序列比对文件的格式，详细介绍文档：http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf
首先先说二者之间的关系，BAM文件是SAM文件的压缩格式，压缩以后可以节省空间，排好序的BAM文件还可以提供随机访问功能，性能优良。但是BAM文件和SAM文件储存的内容是完全一样的。我们以后还要单独再说BAM文件的操作方法，今天我们把重点放在文件中的内容上。
SAM文件的全称是：Sequence Alignment Map，它设计之初就是为了存储mapping结果的。一个标准的SAM文件由2部分组成，第1部分是以“@”开头的头部，在文件的最前面；第2部分就是紧跟在头部后面的比对结果文件。
我随便打开了一个我的Sam文件：可以看到sam文件是以@开头的，记录了比对的信息结果。
sam文件head
然后我们再接着往下翻，看看红框的部分，我们可以执行的比对的代码。问题来了，这个多列，每一列的信息是什么呢？
sam文件的“正文”
BBQ问题：1：SAM文件的头部内容中常见的标志符号有@HD，@SQ，@PG，请问这三者后面跟随的信息分别是什么意思？
@HD VN:1.0 SO:unsorted （排序类型）
头部区第一行：VN是格式版本；SO表示比对排序的类型，有unknown（default），unsorted，queryname和coordinate几种。
@SQ SN:1 LN:249250621 （序列ID及长度）
参考序列名，这些参考序列决定了比对结果sort的顺序，SN是参考序列名；LN是参考序列长度；每个参考序列为一行。
例如：@SQ SN:NC_000067.6 LN:195471971
@RG ID:sample01 （样品基本信息）
Read Group。1个sample的测序结果为1个Read Group；该sample可以有多个library的测序结果，可以利用bwa mem -R 加上去这些信息。
@RG信息
ID：样品的ID号 SM：样品名 LB：文库名 PU：测序以 PL：测序平台
这些信息可以在形成sam文件时加入，ID是必须要有的后面是否添加看分析要求
@PG 写清楚了测序的平台，名字以及命令等。
@PG信息
这里的ID是bwa，PN是bwa，VN是0.7.10-r789版本。CL可以认为是运行程序@RG是上面RG表示的内容，后面是程序内容，这里的@GR内容是可以自己在运行程序是加入的
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标准SAM文件中的11列内容代表的含义
我们主要关注前面4列：
第一列：比对片段的（template）的编号
第二列：FLAG：标识信息，这个信息量很大
官方文档给出的FLAG解释
举例说明，比如说实例中的99=64+32+2+1, 也就是这个记录所代表的read是来自于双端测序R1，且匹配到了正链。而147=128+16+2+1则是表示这个记录来自于双端测序的R2,完全匹配到负链。
有一个网站可以直接根据数字计算匹配信息：https://www.plob.org/article/1697.html
第三列： 参考序列的编号，匹配到的染色体信息，比对到了第几号染色体
第四列：比对上的位置，注意是从1开始计数。
BBQ问题： 如果1条序列的FLAG=83 （图3标号38的行）请解释其比对含义。
FLAG结果
解释
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附：
给出BWA的部分帮助文档信息：
1: Index
bwa index [ - p p r e f i x ] [ - a a l g o T y p e ] < i n . d b . f a s t a >
index数据库序列以FASTA格式。
选项
-p STR 输出数据库的前缀[与db 文件名相同]
-a STR 算法用于构建BWT index。可以使用的选项：
is IS线性时间算法用于构建suffix array。需要5.37N内存，N是数据库的大小。IS算法相对较快，但是无法处理数据库大于2GB的数据。因为IS算法比较简单，作为默认值。目前IS算法的脚本由Yuta Mori从新植入。
Bwtsw BWT-SW中使用的算法。这个算法主要是针对于人类基因组。
2: bwa mem [ - a C H M p P ] [ - t n T h r e a d s ] [ - k m i n S e e d L e n ] [ - w b a n d W i d t h ] [ - d z D r o p o f f ] [ - rs e e d S p l i t R a t i o ] [ - c m a x O c c ] [ - A m a t c h S c o r e ] [ - B m m P e n a l t y ] [ - O g a p O p e n P e n ] [ - Eg a p E x t P e n ] [ - L c l i p P e n ] [ - U u n p a i r P e n ] [ - R R G l i n e ] [ - v v e r b o s e L e v e l ] d b . p r e f i xr e a d s . f q [ m a t e s . f q ]
BWA-MEM 算法比对70bp-1Mbp的输入序列。简要的说，算法主要是通过最大精确匹配作为种子比对，然后基于Smith-Waterman算法进行仿射空位罚分。
如果mate.fq文件是缺失的和选项-p并未设置。这个命令说明数据为单端测序。如果mates.fa存在，命令行假设reads.fq的第i行与mates.fq的第i行形成read对。如果-p被使用，命令行假设reads.fq的2i行和2i+1行形成read对。这类文件被称为interleaved。在这种例子中，mates.fq文件被忽略。在paired-end 模式中，mem命令行会推断从一批reads中推断reads的方向和插入大小的分布。
选项
-t INT 线程数目
-k INT 最小种子长度。少于INT的匹配将会被忽略。匹配的速度通常对于这个值不敏感，除非明显偏离20. [19]
-w INT 空值宽度。必要的说，gaps长于INT将不会被发现。需要注意最大gap长度同时受到评分矩阵和hit长度所影响。并不只由这个选项确定。[100]
-d INT off-diagonal-X-dropoff （z-dropoff）。如果最好和目前的延伸分数差距大于 |i-j|*A+INT，将停止延伸，其中i和j是被比对和参考基因组中的位置。A是匹配得分。Z-dropoff 类似于BLAST 中的X-dropoff，除了该算法中并没有空格罚分。Z-dropoff不仅避免了不必要的延伸，同时减少了在较差的延伸比对中的比对。 [100]
-r FLOAT 引发长度大于minSeedLen *FLOAT的重新搜索。这是启发式算法调节算法性能的关键参数。更大的值产生更少的seeds，导致更快的比对速度但是更低的准确性。[1.5]
-c INT 丢弃大于INT出现次数的MEM。这是一个不敏感参数。
-p 在paired-end 模式中，运行SW搜索得到缺失的命中。
-A INT 匹配得分。 [1]
-B INT 错配得分。序列的错误率估计方法：
{0.75*exp[-log(4)*B/A]}. [4]
-o INT 空值罚分。 [-6]
-E INT 空值延伸罚分。一个长度为K 的罚分为 O+K*E
-L INT 裁剪罚分。
-U INT 对于未配对read对罚分。对于未配对的read对BWA—MEM以scoreRead1+scoreRead2-INT进行评分。评分scoreRead1+scoreRead2-insertPenalty。比较这两种评分从而确定是否应该强制配对。 [9]
-p 假设第一个输入文件为interleaved 配对FASTA\Q文件。
-R STR 完成read group header行 ’\t‘可以在字符串中使用，将会在SAM文件中转换成SAM文件。read group ID也会附在输出文件每一个reads中。
-T INT 不要输出比对分数低于INT的比对。这个结果只影响最终结果。
-a 输出所有的比对以单端或未配对双端测序方式。
-c 将FASTA/Q的comment 追加到SAM输出中。选项可以将reads meta信息转移到SAM输出。注意FASTA/Q comment必须符合SAM特定要求。不正确的格式将导致不争取的SAM输出。
-H 使用大写H在SAM输出文件中，这个选项可以显著的减少输出文件的复杂度。当比对长或Bac序列时。
-M 标记短split hit为第二个。
-v INT 控制输出的冗长程度。这个选项并未在BWA完全被支持。理想的，值0 表示不输出到stderr。1表示只输出error。2表示warning和errror。3表示所有信息。4表示对于debug的更高信息。当选项是4时候，输出并不是SAM。 [3]
Reference:
1:推荐一个SAM文件中flag含义解释具
2:生物信息学100个基础问题 —— 第17题 高通量测序的回贴问题 II (SAM文件与BAM文件)
3:生信：2：sam格式文件解读
4:http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf
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