环境准备

更换系统：WSL+Ubuntu

sudo apt remove gnome #可视化（卸载）

替换镜像源：

cd /etc/apt/

sudo cp sources.list sources.list.bk

sudo sed -i 's/http/https/g' sources.list

sudo sed -i 's/archive.ubuntu.com/mirrors.ustc.edu.cn/g' sources.list

sudo sed -i 's/security.ubuntu.com/mirrors.ustc.edu.cn/g' sources.list

更新

sudo apt-get update

sudo apt-get upgrade

安装bioconda

https://zhuanlan.zhihu.com/p/25085567

#下载
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

#安装
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

source ~/.bashrc

#卸载
rm -rf ~/miniconda

从环境变量中去掉miniconda：打开~/.bash_profile文件，删掉其中miniconda的路径，关闭并保存 删除隐藏的.condarc 、.conda以及.continuum文件

查找软件所有版本：conda search 软件名

conda install 软件名=版本号

软件列表：

查找软件安装路径：which 软件名

更新软件：conda update 软件名

卸载软件：conda remove 软件名

(Base问题：conda config --set auto_activate_base False)

创建小环境：

http://www.bio-info-trainee.com/4030.html

conda create -n rna python=2

# 创建小环境成功，并成功安装python2版本

# 每建立一个小环境，都要装一个python=2的软件作为依赖

conda activate rna

# 成功激活进入小环境，即可安装软件

# 退出小环境：
conda deactivate

安装软件：

http://www.biotrainee.com/thread-1850-1-1.html

fastqc hisat2 htseq sortmerna等

#conda install 软件名

conda install -c bioconda htseq

#清华网络报错：人为指定channel：

conda install -y -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda homer

conda sortmerna