慌不择路,建树来凑,年终总结的时候感觉没什么可讲的就临时起意建了个进化树,哈哈哈哈。。。
结果死的可惨了,记得点赞吖吖吖吖,嘿嘿。
来吧,康康MEGA7的简单建树是如何实现的
1st 序列准备
MEGA7需要的是几个FASTA序列合并后的文件,就像这样的fasta文件
fasta序列合并后的文件如何得到这样的合并后的.fasta 文件呢?
小白不会使用各大软件,只知道 ①NCBI上可以批量下载序列,批量下载下来的序列就是这个样子的;②有些数据库好像不具备这些功能,只能手动合并了,一个是用更改.fasta文件后缀名为.txt,然后用粘贴复制的方式合并;③当然windows系统自带批量合并文本文件的方式,在文件夹中写入一个.bat脚本文件后运行 具体方法可参看此链接 https://blog.csdn.net/zejunwzj/article/details/82345029;④在cmd窗口用dos命令实现,具体方式可以参看此链接,此方法个人推荐⑤用BioEdit软件将序列都打开,然后建立新序列,一个个复制进去,挺麻烦;④将序列传到Linux系统中去,用cat命令列出来传入到新的文件中,这个操作比较简单快捷,个人推荐。
2nd 序列比对与.mas格式保存
用MEGA7将以上合并得到的.fasta文件打开,打开时在以下界面选择 Align
选择 Align文件打开后,选择中文件中所有的序列,点击 Alignment → ClustalW → OK 参数就默认呗,暂时还不太懂
Align界面然后就可以点击 保存 按钮,将其保存为.mas格式,该格式用于之后的建树。保存后这个.fasta文件就可以毫不犹豫地关掉啦。
3rd 建树
在File选项中打开刚刚保存的.mas格式文件,这次打开 Analyze 一下也是可以的。
打开.mas文件之后就可以在 Phylogeny 和 User Tree 选项中选择建树方式了,一般会使用 NJ Tree 或最大似然法建树(Maximum Likelihood Tree)
建树参数表建树所需的参数嘛,俺还不太懂,默认吧就 Compute !
建树界面如此一来简单的建树是好了,在Options选项(就顶上那个锤子)中可以美化图中字体、线条粗细等,Branch Style 选项可以选择不同的建树图案,Image选项可以将建好的树输出为PDF、图片等格式。本次建树的经验是序列名字短一点建树会好看些。。。
当然,核酸序列和蛋白质序列都可以用来建树,步骤是差不多滴。
Over啦,记得点赞吖吖吖吖,嘿嘿。
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