美文网首页
没错,我还在用MEGA7

没错,我还在用MEGA7

作者: 嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀 | 来源:发表于2020-01-30 12:54 被阅读0次

    慌不择路,建树来凑,年终总结的时候感觉没什么可讲的就临时起意建了个进化树,哈哈哈哈。。。

    结果死的可惨了,记得点赞吖吖吖吖,嘿嘿。

    来吧,康康MEGA7的简单建树是如何实现的

    1st 序列准备

    MEGA7需要的是几个FASTA序列合并后的文件,就像这样的fasta文件

    fasta序列合并后的文件

    如何得到这样的合并后的.fasta 文件呢?

    小白不会使用各大软件,只知道 ①NCBI上可以批量下载序列,批量下载下来的序列就是这个样子的;②有些数据库好像不具备这些功能,只能手动合并了,一个是用更改.fasta文件后缀名为.txt,然后用粘贴复制的方式合并;③当然windows系统自带批量合并文本文件的方式,在文件夹中写入一个.bat脚本文件后运行 具体方法可参看此链接 https://blog.csdn.net/zejunwzj/article/details/82345029;④在cmd窗口用dos命令实现,具体方式可以参看此链接,此方法个人推荐⑤用BioEdit软件将序列都打开,然后建立新序列,一个个复制进去,挺麻烦;④将序列传到Linux系统中去,用cat命令列出来传入到新的文件中,这个操作比较简单快捷,个人推荐。

    2nd 序列比对与.mas格式保存

    用MEGA7将以上合并得到的.fasta文件打开,打开时在以下界面选择 Align

    选择 Align

    文件打开后,选择中文件中所有的序列,点击 Alignment → ClustalW → OK 参数就默认呗,暂时还不太懂

    Align界面

    然后就可以点击 保存 按钮,将其保存为.mas格式,该格式用于之后的建树。保存后这个.fasta文件就可以毫不犹豫地关掉啦。

    3rd 建树

    在File选项中打开刚刚保存的.mas格式文件,这次打开 Analyze 一下也是可以的。

    打开.mas文件

    之后就可以在 Phylogeny 和 User Tree 选项中选择建树方式了,一般会使用 NJ Tree 或最大似然法建树(Maximum Likelihood Tree)

    建树参数表

    建树所需的参数嘛,俺还不太懂,默认吧就 Compute !

    建树界面

    如此一来简单的建树是好了,在Options选项(就顶上那个锤子)中可以美化图中字体、线条粗细等,Branch Style 选项可以选择不同的建树图案,Image选项可以将建好的树输出为PDF、图片等格式。本次建树的经验是序列名字短一点建树会好看些。。。

    当然,核酸序列和蛋白质序列都可以用来建树,步骤是差不多滴。

    Over啦,记得点赞吖吖吖吖,嘿嘿。

    相关文章

      网友评论

          本文标题:没错,我还在用MEGA7

          本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/icftzctx.html