hg38每条染色体基因,转录本的分布

作者: 白云梦_7 | 来源:发表于2018-06-04 21:28 被阅读0次

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wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-87/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.87.chr.gtf.gz

#每条染色体基因数

zcat Homo_sapiens.GRCh38.87.chr.gtf.gz |perl -alne '{print if $F[2] eq "gene" }' |cut -f 1 |sort |uniq -c

#基因分类

zcat Homo_sapiens.GRCh38.87.chr.gtf.gz |perl -alne '{next unless $F[2] eq "gene" ;/gene_biotype "(.*?)";/;print $1}' |sort |uniq -c

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