写在前面
ISCE官方网站:https://winsar.unavco.org/software/isce,之前只能会员单位下载和使用。目前部分开源在GitHub上https://github.com/isce-framework/isce2,不过做哨兵数据的时间序列预处理足够了。这里记录和分享自己的环境配置过程,水平有限,不妥之处欢迎指正,共同进步。
系统环境
操作系统:Ubtuntu 16.04
Python环境:系统自带2.7、3.5,自己配置的Anconda3.6 Linux 64
ISCE环境:2.3.1
环境配置
Python环境
ISCE是基于Python环境运行的,所以把系统的Python环境理顺是第一步。
这里选取Anconda作为Python环境,按照github上的说明,使用canda安装依赖环境
这里注意:上面requirements.txt最后一行,把opencv改成opencv3,因为这后期处理的时候,会有导入库的错误,我重新安装了opencv3解决了问题
ISCE建议的Python是Python3,.6,所有ISCE的处理脚本的第一行都有写Python解释器的地址,如下所示:
系统默认的Python3的地址是指向Python3.5的,这里我们希望使用的是Anconda下的Python,需要以下操作
1.将usr/bin下的Python3重命名为Python3.5
2.新建快捷方式将Python3指向Anaconda的安装地址,在/usr/bin下运行(我的Anconda安装在/root/anconda3下)
ln -s /root/anconda3/bin/python /usr/bin/python3
3.链接完成后由于系统Termianl使用的是自带的Python3.5环境,因此会出错打不开。这时,按crtl+alt+f1进入控制端,输入root 和密码,可以看到报错,找到报错出现的文件,可以看到Python解释器为usr/bin/python3,把它改成python3.5(和第一步对应),这样系统就能找到自带的Python了。总共需要修改4个或5个文件,耐心改到不报错为止。
到这里Python环境就配置好了,下一步开始编译
编译ISCE
首先,装好官方说明里面要求的各类编译器g++等等。
在terminal设置一个临时的环境变量,把Pythonpath临时性的指向isce2软件下configuration所在的位置,我这里是
export PYTHONPATH = /usr/local/isce2/configuration
然后安装各种依赖环境
apt install -y gfortran libmotif-dev libhdf5-dev libfftw3-dev libgdal-dev scons python3 cython3 python3-scipy python3-matplotlib python3-h5py python3-gdal python3-pip wget curl gdal-bin
按照官方说明,在/usr/local/isce2文件夹下新建一个SConfigISCE文件,并按要求填入对应信息,这里给出我填的作为参考,我没有使用GPU加速,所以去掉了最后两行。
PRJ_SCONS_BUILD = /usr/local/isce2/build
PRJ_SCONS_INSTALL = /usr/local/isce2/install/isce2
LIBPATH = /usr/lib/x86_64-linux-gnu /usr/lib /usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial
CPPPATH = /root/anaconda3/include/python3.6m /usr/include/x86_64-linux-gnu /usr/include /usr/include/hdf5/serial /usr/include/gdal
FORTRANPATH = /usr/include /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5.4.0/include
FORTRAN = /usr/bin/gfortran
CC = /usr/bin/gcc
CXX = /usr/bin/g++
MOTIFLIBPATH = /usr/lib/x86_64-linux-gnu
X11LIBPATH = /usr/lib/x86_64-linux-gnu
MOTIFINCPATH = /usr/include/Xm
X11INCPATH = /usr/local/include
ENABLE_CUDA = False
然后运行
scons install
编译完成之后,install中会多很多文件,下一步设置好环境变量,就能使用了
环境变量设置
terminal输入gedit ~/.bashrc
加入如下信息:
export ISCE_ROOT=/usr/local/isce2/install
export ISCE_HOME=/usr/local/isce2/isce
export PATH=$ISCE_HOME/bin:$ISCE_HOME/applications:$PATHENV
export PYTHONPATH=$ISCE_ROOT:$ISCE_HOME/applications:$ISCE_HOME/component
然后source ~/.bashrc 使环境变量生效
总结
在Terminal输入Python3,进入Python界面,输入
import isce
如果不报错,说明就安装完成啦,enjoy it。
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