dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = exprSet,colData = colData, design = ~ group_list)
dds_2 <- DESeq(dds)
vsd <- assay(varianceStabilizingTransformation(dds))
vsd_2 <- assay(varianceStabilizingTransformation(dds_2))
对于这个函数,一直在纠结varianceStabilizingTransformation() 括号里面是加dds还是dds_2。运行上述代码发现vsd与vsd_2数据是完全一致的,所以不用过多纠结。。。。
image.png image.png
网友评论