neo4j——导入owl或rdf文件

一：如果是owl文件，需要先转换成rdf文件（df2rdf）

• 安装rdf2rdf包，文件已上传文件管理器： https://zcity.mgi-tech.com/fb/files/tool/java/
• 下载完成后，把这个插件和你的owl文件放在同一个文件夹下（只是为了方便不写绝对路径而已），执行如下命令：（假设我需要转换的是wj.owl文件，下载的插件为rdf2rdf-1.0.2-2.3.1.jar），终端在该文件目录下打开。该jar包需要在java在1.8环境下执行

java -jar rdf2rdf-1.0.2-2.3.1.jar wj.owl wj.rdf

这样你就能得到一个rdf文件

二：导入rdf文件，需要给neo4j安装一个组件neosemantics

• neosemantics和neo4j版本需要对应一致，到该网址查看： https://github.com/neo4j-labs/neosemantics/releases
• 下载好neosemantics后，把该文件放到neo4j目录下的plugins下面，去配置conf。

# 高版本使用上面这句配置（4.0版本之后）
dbms.unmanaged_extension_classes=n10s.endpoint=/rdf
# 低版本使用上面这句配置（4.0版本之前）
dbms.unmanaged_extension_classes=semantics.extension=/rdf

• 配置完后保存退出并重启neo4j，并在neo4j浏览器中输入命令查看是否成功

call dbms.procedures()

• 出现以下内容便是成功了

  
  image.png

三：导入RDF文件

• 图初始化，这一步必须有，没有就导不进去

call n10s.graphconfig.init();

• 这一步可能也要，如果报错了的话也不用担心直接执行下一步，避免重复加入

CREATE CONSTRAINT n10s_unique_uri ON (r:Resource) ASSERT r.uri IS UNIQUE;

• 导入数据

call n10s.rdf.import.fetch( "file:////home/neo4j-chs-community-4.4.18-unix/wj.rdf", "RDF/XML"); 

• 导入成功，neo4j会出现数据。但是数据标签，节点，关系会默认添加ns0__,owl_,rdf_等前缀，可以处理一下

四：处理数据前缀

1.uri显示前有地址，可我们只想要名称

MATCH (n)
SET n.uri = REPLACE(n.uri, 'http://purl.obolibrary.org/obo/go#', '')
RETURN n

• 关系前缀ns__,owl__,语句替换出现问题，用python进行处理

from py2neo import Graph

# 连接到数据库（改成自己的ip和账号密码）
graph = Graph("neo4j://0.0.0.0:7687", auth=("neo4j", "xxx"))

# 查询所有关系类型
relationship_types_query = "CALL db.relationshipTypes() YIELD relationshipType RETURN relationshipType"
relationship_types = graph.run(relationship_types_query).to_data_frame()

# 遍历所有关系类型，去掉 'ns0' 前缀并更新关系名称
for index, row in relationship_types.iterrows():
    old_type = row['relationshipType']
    if old_type.startswith("ns0__"):
        new_type = old_type[len("ns0__"):].replace("“","").replace("”","")
        update_query = f"""
        MATCH (a)-[r:{old_type}]->(b)
        CREATE (a)-[r_new:{new_type}]->(b)
        SET r_new = r
        WITH r
        DELETE r
        """
        graph.run(update_query)

• 属性前缀处理

from py2neo import Graph

# 连接到数据库（改成自己的ip和账号密码）
graph = Graph("neo4j://000.0.0.0:7687", auth=("neo4j", "xxx"))

# 创建 NodeMatcher 实例
matcher = NodeMatcher(graph)
nodes = matcher.match()

# 遍历属性查找符合条件的并修改
for node in nodes:
    for key in list(node.keys()):
        if key.startswith('ns0__'):
            new_key = key[len("ns0__"):]
            node[new_key] = node[key]
            del node[key]
    graph.push(node)

• 标签前缀处理

from py2neo import Graph

# 连接到数据库（改成自己的ip和账号密码）
graph = Graph("neo4j://000.0.0.0:7687", auth=("neo4j", "xxxx"))

# 查询所有节点及其标签
query = "MATCH (n) RETURN n"
result = graph.run(query)

# 遍历所有节点
for record in result:
    node = record["n"]
    labels = node.labels

    # 删除所有标签中的ns0__字符
    for label in labels:
        if "ns0__" in label:
            print(label)
            new_label=label.replace("ns0__", "")
            node.add_label(new_label)
            node.remove_label(label)
    graph.push(node)