与莲师关系最亲密的咒语就是金刚上师心咒：
嗡 阿 吽 班渣咕噜 贝玛 悉地吽
这个咒语是莲师的命及心与精华，事实上这是莲师化身为声音。
为什么持咒这么重要，而咒语又是什么？我们观想自己是本尊，所处的环境是净土，这是为了净化我们对形色的不净觉受;持颂咒语则是净化我们对声音的不净觉受。“咒”这个字在梵文中代表“心的护持”，因为当我们持咒时，我们就保护心令它不落入凡夫妄念中。
嗡
第一个字母“嗡”，指的是诸佛的身。虽然莲师是遍满五方佛之主，“嗡”在此特别是指向阿弥陀佛，他代表莲花部的法身。
阿
第二个字母“阿”，指的是诸佛的语，在此特别指向大悲观世音菩萨，他代表莲花部的报身;由“阿”字化现出八万四千法门。
吽
第三个字“吽”，指的是诸佛的心意或智慧，在此化现为莲花生大士，也就代表莲花部的化身。事实上，莲师是三身全然合一，这从咒语开头的三个字已显示出。
班渣咕噜
接下来是“班渣咕噜”，“班渣”是梵文，指的是钻石(藏文为多杰，即石中之王)，是自然物质中最殊胜的。钻石非常坚硬，没有东西可以切穿它，而因为这分坚硬的特质，让它可以切穿任何东西。同样地，莲师身语意不变之智慧本性，不会受到妄念及烦恼所伤，而他的身、语、意及智慧无需费力，即可消除由负面情绪及行为的业报所造成的蔽障及妄念。因此，我们可以了解班渣咕噜（或藏文的多杰喇嘛），意指一位已达金刚乘修行道路上究竟目标的伟大成就者。简而言之，班渣指的是终极的娴熟，或了悟三身的不可分割性。
正如我们前而所提及，“咕噜”在藏文中直译的意思是“重”，意指上师因充满善的功德而重。因为莲师的身、语、意拥有与诸佛相同的无量功德，我们可以将之视为一个巨大的宝物柜，其中装满了珍贵的东西，满到要溢出来，这样一个柜子是颇贵重的，这也就是“因充满善的功德而重”，就像金子是既贵且重。咕噜是众生中最贵重的，因为他不可思议及无欺诳的特质。咕噜在藏文中称为喇嘛，它的含义是指其优异性超越或高于一切。举例而言，在皈依三宝、三根本或三身时，或是持颂诸佛名号，我们总以“喇嘛”做开头，这意谓着以下紧接的是无法也不能被超越的。
我们称自己的老师为喇嘛，因为有幸在此生遇见他，并聆听上师的开示，我们以最大的虔诚心恒时忆念他，因此我们能永远超越负面情绪，不受各种业及轮回障蔽所困。
从莲师在西北隅邬仗那现身，直到他去东南州罗刹国，莲师化现及传授经教及密续的所有法教，但他主要是宣说金刚乘的法教;经由此，我们可以在一生中达到一般及最高的成就，我们称之为多杰喇嘛或金刚上师。莲师是为了传授金刚乘而来到我们的世界。当佛陀在印度转-法-轮时，因为众生的根器及需要，他并未广传金刚乘。
在佛陀将入涅槃时，三大护主，文殊、观音及金刚手到佛陀面前说，“请转金刚乘法轮，以此利益雪域的众生”，然后他们请求佛陀继续住世以圆满他们的愿望。佛陀回答说，在他入灭后，另一位伟大的化身将会出现，为了弘扬甚深法教，他将以不可思议的方式诞生;三大护主，特别是观世音菩萨将要护持在西藏的弘法。佛陀以这样的方式预告了莲花生大士的降临。
根据一般的历史，佛陀未曾开示及宣说秘密金刚乘，然而在他入灭时，五位佛陀的伟大弟子聚集在焰铁山，经由神通力，他们觉知佛陀正在入灭。这五位弟子是殊胜的持明者，他们分别来自天道、罗刹、雅刹、龙族及人道，他们悲叹地说，“现在老师已不在世上，谁来驱除无明的晦暗?谁能指引我们该修什么以及该舍什么?”为了回应他们的深刻悲伤及热诚祈请，金刚萨埵由诸佛心中化现为金刚手，金刚手开示并解释密咒乘给他们。不久之后，玛哈瑜伽的法教以大幻化网十八部密续的形式，由虚空中落入印渣菩提国王宫殿的屋顶上；阿努瑜伽的法教化现在辛哈拉的大地上；大圆满传承第一位人道的老师喜金刚，开示及阐扬阿底瑜伽的修行。这三大智慧续流都进入到莲师如海般广大的法教中。虽然莲师深谙并精通经教，但他的开示主要是秘密金刚乘的修行道。
贝玛
“贝玛”在梵文中是指莲花，藏文的发音是贝玛。五方佛分别是佛部、金刚部、宝生部、莲花部及事业部。因为莲花生大士是阿弥陀佛的化身，属于莲花部，他的名字就是贝玛，所以在咒语中我们称他为“班渣咕噜贝玛”。
悉地吽
在咒语结束时我们说“悉地吽”，悉地指的是“一般”及“无上”这两种成就，吽这个字是祈请莲师赐予我们这两种成就。一般或世俗成就指的是免于疾病及拥有所有的福报资粮等，无上成就指的是达到莲师等级的证量。简而言之，这个咒语就是“您，金刚上师，由莲花中生起，请赐予我一般及无上的成就”。
金刚上师咒共有十二个字母，依着我们目前的不净及迷惑，这些字母相当于十二缘起，也就是从无明起一直到投生，我们就是这样在轮回中流转。当这些缘起及因素被净化后，它们相当于佛陀教法的十二支。莲师心咒这十二个字母，是所有上师、本尊及空行心咒的浓缩咒语。
莲师与他的咒语是不相离的，当我们持颂咒语时，也包含了他的名号，这就像我们一直重复呼唤某人，而他决不会不同应。如果我们专心一意的祈请，毫无疑问地，莲师一定会慈悲地加持我们。
我们应该以全生命来持颂这个咒语，不要虚伪、分心或只是机械化的念颂。如果我们念了金刚上师心咒几百次或几千次，也不应该觉得自己有什么了不起的成就。事实上，咒语的念颂不应中断，应该像一条持续流动的河流，而且与自己的呼吸合一。当我们持颂咒语时，应同时观想从莲师处接受了四种灌顶。
没有任何持颂比莲师的咒语更高。以不动摇的虔诚心忆起莲师，在此念颂中，我们应尽全力地修持。在每一节修行结束时，观想一切众生转入光中，迅速向上融入莲师心中。在念颂铜色山净土祈请文时，我们应热诚的祈请所有众生都往生到铜色山净土。
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