linux下SRA-toolkitde 安装及使用

首先下载SRA-toolkit的代码包,使用wget

lisa@lisa-VirtualBox:~$ wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.6-1/sratoolkit.2.9.6-1-ubuntu64.tar.gz

得到tar.gz文件后使用tar zvxf命令解压

lisa@lisa-VirtualBox:~$ tar zvxf sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz

解压后输入~/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin/fastq-dump -h检验是否安装成功,出现Usage即为安装成功

lisa@lisa-VirtualBox:~$ ~/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin/fastq-dump -h

Usage:
  /home/lisa/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin/fastq-dump [options] <path> [<path>...]
  /home/lisa/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin/fastq-dump [options] <accession>

之后为软件配置环境变量

nano ~/.bashrc

在文本末输入export PATH=~/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin：$PATH
如图

再刷新配置文件

lisa@lisa-VirtualBox:~$ source ~/.bashrc

配置完环境变量后就可以在任何目录下使用了

lisa@lisa-VirtualBox:~$ fastq-dump -h

Usage:
  fastq-dump [options] <path> [<path>...]
  fastq-dump [options] <accession>